(一)治疗
肺炎杆菌肺炎的治疗包括抗感染治疗和支持治疗。抗感染治疗有效与否直接影响疾病的预后。抗生素时代之前，肺炎杆菌肺炎的病死率高达51%～97%。在抗生素治疗下，病死率已有明显下降，但由于肺炎杆菌耐药率较高，病死率为20%～30%，仍超过肺炎链球菌肺炎。
对肺炎杆菌有抗菌活性的药物较多，包括第一至四代头孢菌素、广谱青霉素、氨基糖苷类抗生素、氟喹诺酮类、碳青霉烯类和单环β内酰胺类等。氯霉素和四环素有抗菌作用，但耐药株多，临床应用甚少。高效、低毒、价廉是考虑选择抗菌药物的最重要因素。随着临床可选药物品种的扩大和多重耐药菌株的不断增加，合理的选择应根据药物敏感试验。在取得药物敏感试验结果前，或未开展药物敏感试验的单位，或受试的几种抗菌药物均显示耐药时，经验性用药便是制订抗感染方案的惟一选择。经验性用药要强调结合以往本地区、本单位甚至本部门的细菌耐药性监测结果进行选药。
通常建议第二、三或四代头孢菌素或联合氨基糖苷类药物，如有药敏结果也可单用头孢菌素。常用方法：头孢噻肟2g静脉滴注，每8小时1次或头孢曲松2g静脉滴注，1次/d。也可用氨曲南、第二代头孢菌素如头孢呋辛。在抗生素使用频度较低、耐药不严重的地区，特别对病情较轻的社区感染，可采用第一代头孢菌素如头孢唑林、头孢拉定，剂量为4～6g/d，分2～4次静脉滴注。青霉素类中氨苄西林耐药率已很高，但新一代的广谱青霉素如哌拉西林对肺炎杆菌肺炎有较好的治疗效果。
氨基糖苷类可选庆大霉素，但耐药菌株较多。现常用阿米卡星，常用量为0.4～0.6g/d，分1～2次静脉滴注。由于氨基糖苷类不易穿透支气管黏膜和痰液，抗生素在支气管分泌物中的浓度仅为血浓度的5%～40%，且痰液的酸性环境会明显降低抗生素的抗菌活性，故氨基糖苷类的临床疗效往往逊于体外药物敏感试验。因此，对肺部感染特别是重症感染，氨基糖苷类宜与β内酰胺类合用而不主张单独使用。
氟喹诺酮类如环丙沙星、左氧氟沙星等，头霉素如头孢西丁、头孢美唑，β内酰胺类/β内酰胺酶抑制剂的复合剂如舒他西林(氨苄西林/舒巴坦)、头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/克拉维酸等，对肺炎杆菌包括不少耐药菌株，也具有良好抗菌活性，值得选用。
近年来，部分地区尤其在医院内肺炎中出现肺炎杆菌产超广谱β内酰胺酶(ESBL)菌株检出率明显上升，不少ICU感染菌株中ESBL占肺炎杆菌的20%～30%。对这类菌株引起的感染，首选碳青霉烯类药物如亚胺培南、美罗培南等，用药方法：亚胺培南0.5g静脉滴注，每8小时1次，或1 g静脉滴注，每12小时1次。头孢哌酮/舒巴坦对肺炎杆菌ESBL菌株也有较好的抗菌活性。
肺炎杆菌肺炎的抗感染疗程一般为10～14天，病变广泛特别是出现多发性小脓肿时，则至少3周。支持治疗包括保持气道通畅，给氧，纠正水、电解质和酸碱失衡，补充营养等，在肺炎杆菌肺炎的治疗中也不能忽视。
(二)预后
血培养阳性者预后一般欠佳。由于肺炎杆菌耐药率较高，病死率为20%～30%。