根管治疗后可能出现的并发症包括发生急性炎症、髓腔壁穿孔、牙折以及上颌窦疼痛、上颌窦曲霉病、上颌窦炎症等。绝大多数并发症是由于治疗过程中操作不规范导致的，如果医生能严格按照规定做好每一步，仔细认真，做好根管填充前后的检查和杀菌，这些并发症是基本是可以避免的。
根管治疗术后最常见的并发症是急性炎症反应，而且患病的概率随年龄的增加而增高。发生急性炎症反应的原因主要是由于医生的操作不当造成的，比如预备的工作不充分，导致感染物质将根尖孔推出，或者充填的时机不合适、超充、根管封药使用过量等等。患者发生急性炎症反应后通常表现为牙齿疼痛，特别是下颌牙齿以及出现牙髓坏死。此外，患牙根管中厌氧细菌的感染、中老年患者、男性患者以及有过敏体质的患者，出现急性炎症的发病率都较高。
对于急性炎症并发症的处理，首先要查明原因。在根管充填前，可以切开根管引流，应用支持疗法以及抗菌素。在根管充填之后，主要通过保守治疗，如果患牙处形成脓肿，同样需切开根管引流，使用支持疗法以及抗生素。如果保守治疗没有效果，可以进行开窗引流术或者人工造瘘。为了预防急性炎症的产生，医生手术前要拍摄X射线片，操作过程中保证严格无菌，多加注意有过敏体质的患者。
此外，牙折也是根管治疗术后的常见并发症之一。由于根管治疗后的牙齿失去了牙髓变脆，或者在开髓洞和根管做冠桩时，磨除过多牙体以及根管壁，以及做根管充填时，压力过大等，都会导致牙根折断。此外，根管钉的使用、牙胶填入根管后膨胀等也可能导致牙折。对于牙折的处理，应尽可能地保留本牙，根据牙折的多少和部位，可以进行充填、增加螺旋钉固定以及全冠修复。另外，根据根冠折断的长度，可以通过冠延长术或者龈切术来进行修复。
目前，根管治疗是治疗牙髓以及牙根疾病的主流方法，但多种原因可能会引起并发症的产生。因此，医生在操作时，要尽量小心认真、细心操作，尽可能地减小损失。根管治疗中，要注意牙釉质是否呈陡峭尖状，需及时磨平。在治疗的同时，也要尽量保留原本的牙齿。根管充填过程中，操作力度要适当，治疗后，要进行常规调合。