肝包虫囊肿最常见的并发症是继发感染和囊肿破裂，两者常互为因果。
1.继发感染 约10%～30%的肝包虫囊肿会继发细菌性感染。致病菌主要来自于胆管系统。囊肿在逐渐增大的过程中压迫周围肝组织形成纤维性包膜。肝内小胆管常受压迫并被包入纤维包膜中。这些小胆管可破入囊腔。一般认为约80%的肝包虫囊肿与肝内胆管存在显性或隐性交通瘘，致病菌随胆汁经瘘口入侵囊肿而发生感染。肝包虫囊肿继发感染后的典型三联征包括寒战、高热、肝区持续胀痛和囊肿短期内迅速增大。囊肿的迅速增大使得原来对周围脏器的压迫症状更加明显，如受外力挤压、局部震动或行不正确的穿刺，容易发生破裂。实验室检查表现为白细胞升高，可伴有贫血;B超显示囊壁增厚、囊内回声不均，可见不规则强回声团块;CT扫描时囊液CT密度值升高，囊内可出现气体，并可伴有囊周组织水肿的表现。临床上应注意与肝脓肿相鉴别。
2.囊肿破裂 肝包虫囊肿因各种原因发生破裂的机会，国内文献报道为12.9%。囊肿可自发破裂，尤其是继发感染后，由于炎性刺激使得囊液急剧增加，囊内压升高，破裂机会更大。某些外伤因素(如穿刺、挤压等)均可造成囊肿破裂。不同位置的囊肿可破入不同的部位，并引起相应的临床症状。
(1)破入胆道：这是最常见的并发症，约5%～10%，可破入肝外胆管和胆囊，但多数破入肝内胆管。破入胆管的主要因素是囊肿压迫胆管壁造成后者的局部坏死。囊肿破入胆道时有胆绞痛、黄疸和荨麻疹3个主要症状，应与胆石症相鉴别。囊内容物阻塞胆管，特别是囊肿原已感染者，可引起急性梗阻性化脓性胆管炎。
(2)破入腹腔：位于肝表面的包虫囊肿易破入腹腔。破裂后囊内容物(包括囊液、子囊和原头蚴)进入腹腔，引起突发性腹痛和过敏性休克，而腹部肿块可骤然缩小或消失。囊液进入腹腔可引起不同程度的腹膜刺激症状，如囊肿原与胆管相通，胆汁流入腹腔可引起严重的胆汁性腹膜炎。已感染的囊肿破入腹腔则引起弥漫性腹膜炎。腹腔内炎症很明显时可使原头蚴死亡，留下肉芽肿，但更为多见的是原头蚴存活下来，若干年后发育成多个囊肿，称为腹腔继发性棘球蚴病。肝包虫囊肿破入腹腔引起的急腹症应注意与其他原因引起的急腹症相鉴别。
(3)破入胸腔：位于肝膈顶部的包虫囊肿，尤其在继发感染后，可穿透膈肌破入胸腔，引起急性胸腔积液和过敏反应，以右侧胸腔多见。囊肿破入胸腔时常伴有阵发性剧烈咳嗽和刀割样胸痛。由于炎症使囊肿-膈肌-肺产生粘连，囊肿可直接破入支气管，形成囊肿-支气管瘘，如囊肿已与胆管相通，则形成胆管-支气管瘘。初时有咳血性泡沫痰，以后咳出带胆汁的痰和囊液、子囊、内囊碎屑等内容物，少数患者可发生窒息。
(4)穿破腹壁：肝包虫囊肿继发感染后，可与腹壁粘连并穿破腹壁自溃，向体外流出囊液和囊内容物，形成经久不愈的腹壁窦道。
(5)破入心包腔：位于肝左叶的包虫囊肿可穿透膈肌破入心包腔造成急性心包填塞。
(6)破入肝静脉：少数肝包虫囊肿可破入肝静脉，进入肝静脉的囊内容物可造成肺动脉栓塞。