如何治疗肝内胆管结石，是外科临床上的一个难题。由于认识上，解剖上，病理上，技术上多方面的原因，致使肝内胆管结石的治疗，还存在很多问题，影响治疗效果。所以要特别予以重视和认真对待。
肝内胆管结石外科治疗的难点由于肝胆管结石的病理十分复杂，在思想认识上它是区别于胆囊结石的另一病种，不能按照治疗胆囊结石的原则和方法来处理肝胆管结石。胆囊结石可以采用口服或穿刺滴注溶石药治疗，并取得一定效果，肝内胆管结石目前尚无理想的溶石药;胆囊结石切除胆囊，可以得到彻底治疗，肝内胆管结石就不能广泛切除胆管，加以肝内胆管结石肝内外病灶分散，往往合并肝内外胆管狭窄和扩张，从技术上讲有时难以一次在手术中完全予以处理。有时病人处于急性胆管炎、休克等危重状态，急症手术，术前情况不清或仅允许进行应急措施，遗留肝内病变。肝胆管结石合并肝硬化、门脉高压症，手术治疗非常困难等原因，致使肝胆管结石的外科治疗，经常发生术后残余结石和胆管狭窄。国内统计肝胆管结石术后残石发生率高达40%～70%，遗留肝内胆管狭窄的比例更大，以致约30%的病例需要再次行胆道手术。严重的是很多病人随着手术次数的增加，病理情况更加复杂，胆管狭窄更易发生，又需再次手术。因此增加了手术并发症和死亡率。
肝内胆管结石外科治疗的原则随着医疗实践的提高和诊疗技术的进步，系统方法提高了处理肝胆管结石，必须坚持整体性，综合性与辩证性原则的认识。影像学检查和肝门解剖立体成像的概念，使传统的肝外手术转为肝内手术成为可能。对肝内胆管结石治疗，运用肝外科技术，处理肝门部和肝内大胆管，以达到良好的显露，形成了比较完整的肝胆管结石外科治疗原则，即取净结石，去除病灶，矫治胆管狭窄，恢复和建立胆道的生理功能与通畅胆流，避免和防止胆道感染及结石的复发。
作好术前准备，避免急症手术按照治疗原则进行系统规划与整体设计。对肝内胆管结石病人，尽量不在急症时，特别是病理情况不甚清楚情况下进行手术。可以采取中西医结合方法，给予适当抗生素，经鼻胆道管进行胆管减压，或经皮肝穿刺胆管引流，纠正水电解质紊乱及酸碱平衡，度过急症期。术前积极治疗各种并发症，诊断清楚胆石部位，胆管狭窄的部位及程度，肝内外胆道的病理状况，肝功能及全身情况。根据病变和实际可能，制订治疗方案，力求作好第一次手术。如为已行多次手术的病例，更应慎重考虑，周密设计，争取成为最后一次手术。
组合手术与后续治疗
(1)组合手术：肝胆管结石外科治疗的要求，很难用某一手术方式，在一次手术中彻底解决，必须采取多种手术方式组合起来，进行互补，以满足治疗的需要。例如位于左叶结石或左叶肝纤维化、肝组织萎缩，可行肝左叶或肝左外叶切除，如同时合并肝门胆管狭窄，行肝门胆管成形术，如胆管组织缺损，可以胆囊瓣或圆韧带修补，如缺损较大，还可以胃或空肠带血管蒂瓣修补，只要肝外胆管下端无狭窄，尽量以胆管成形术来保留肝外胆道及胆总管末端括约肌的功能。如为肝左，右叶广泛结石，且合并肝门胆管狭窄，可以自肝管切开，向上显露肝内1～2级肝管，解除胆管狭窄和取净肝内结石，现在用超声碎石镜直接进入肝内胆管进行碎石，因为有电视监视，可以到达3～4级胆管进行碎石。并且它是边碎边吸，大多数病例可在术中全部清除结石，加上术后胆道镜治疗，提高了肝内胆管结石的治疗效果。
如果肝外胆管狭窄已不能利用，或为再次手术患者，处理肝内结石及解除胆管狭窄以后，则宜行肝门胆管或肝内胆管空肠Roux-Y吻合术。重要一点是如肝内遗留病灶，特别是肝内胆管狭窄未予解除而在狭窄以下行胆-肠吻合术，则术后不但未解决胆汁通畅引流，而且会增加肠胆反流，发生胆道感染或严重胆管炎，或使结石复发，是临床上常见的再手术的原因。
(2)后续治疗：即在手术中置入肝内或肝外胆管内导管，这种导管可以是单纯导管，也可以是气囊导管。导管置入的位置根据肝内外有无残留结石，有无胆管狭窄和导管的功能而定。有些肝内、外胆管狭窄或吻合口内的支撑导管，气囊导管，皆需要保留较长时间，一般6～12个月。对于需要长期置管病人，可用U形管，以减少胆汁的丢失。
胆管内导管术后可以起到多方面的作用：①进行感染胆汁的引流;②支撑胆肠吻合口;③支撑和扩张胆管狭窄;④通过导管进行滴注药物，抗炎、止血、溶石;⑤通过导管以声频液压震荡碎石;⑥经导管窦道用胆道镜取残余结石或碎石治疗;⑦经导管进行胆道造影，观察肝内外胆管的病理情况，决定下一步的治疗方法和是否拔除导管。这些措施是手术治疗的继续和补充，只有组合手术与后续治疗很好的结合起来，才能提高肝内胆管结石外科治疗的效果。