本病需与Ⅰ型、Ⅱ型RTA及肾小球疾病所致代谢性酸中毒鉴别，后者常有肾小球滤过率下降，氮质血症的临床表现。也需与氮质潴留所致酸中毒的其他疾病和其他类型肾小管性酸中毒鉴别。如远端肾小管性酸中毒有时与尿毒症酸中毒可混淆，但尿毒症的代谢性酸中毒有氮质血症和血磷增高，鉴别不难。
由于遗传性特发性高钙尿症所致的肾钙化症，可引起远端肾小管性酸中毒，亦需与原发性者鉴别。此时的结石可为磷酸钙结石，但无低钾血症和代谢性酸中毒。不完全性RTA，最易和特发性高钙血症分不清，此时，可作氯化铵负荷试验。其他疾病引起的继发性远端肾小管性酸中毒则各有其临床特点。