(一)发病原因
1984年Murray分析美国心肺和血液研究所主持的多中心研究，HIV是单股正链RNA病毒，RNA基因组、反转录酶和病毒编码蛋白组成其核心。
(二)发病机制
HIV是单股正链RNA病毒，RNA基因组、反转录酶和病毒编码蛋白组成其核心。HIV进入体内，其膜糖蛋白pg120极易与辅助性T淋巴细胞(CD4)表面受体相结合，并进入细胞内大量复制、繁殖，破坏辅助T细胞(T4H);HIV已感染的CD4细胞可融合未感染的CD4受体，形成巨核细胞，使TH细胞数减少。受到HIV感染后，机体可经抗体或非抗体介导的细胞毒性T淋巴细胞杀伤作用，使CD4细胞致死。结果导致CD4细胞下降，功能亦受损伤，如对特异性抗原和非特异性抗原刺激反应下降、辅助B淋巴细胞产生抗体能力降低。HIV同样对机体非特异性防御机制如吞噬细胞吞噬功能、NK细胞有抑制作用。总之，HIV/AIDS者机体的免疫功能尤其细胞免疫机制受到损伤，这是导致机体极易招致感染的主要原因。
HIV/AIDS者中肺部感染发病率高，究其原因目前尚不完全清楚。近来研究发现肺泡巨噬细胞亦是HIV攻击的靶细胞之一，细胞数量未见减少但功能(抗原呈递等)降低;支气管肺泡灌洗液中T4H/TS比例降低，Ts升高。HIV病毒负荷量与CD4细胞耗竭呈线形相关，而血液中CD4细胞是预测免疫缺陷和肺部机会性感染发生可能性、感染类型及其病原谱的重要指标。
HIV/AIDS患者CD4细胞数量与肺部感染病原体类型密切相关，如鸟-胞内复合分枝杆菌主要见于免疫功能严重受损者CD4计数