1.外源性：因眼外伤，眼内手术及角膜溃疡穿孔等细菌直接进入眼肭。手术引起的眼内炎，常见革兰氏阴性菌的绿脓杆菌引起。但外伤由真菌、厌氧菌和多种微生物致病者比术后感染更为常见。一般情况下在术后24～48小时出现炎症，但目前术后常规结膜下注射抗生素和皮质类固醇，故眼内炎可延至术后2～5天出现，若术后24～48小时疼痛加剧的患者，应考虑为毒性较大的微生物感染。真菌性眼内炎出现症状为手术后或伤后2～3周内。
2.内源性：内源性（或转移性）感染性眼内炎多以真菌感染为特征，是经血流到达眼部的感染引起。致病菌可来自远处的感染灶或全身性败血症。通常起病隐匿，进展迟缓。