黄体功能不全的发生机理目前仍然没有被查明，但研究发现它与下丘脑--垂体--性腺轴的功能障碍存在密切的联系。与黄体功能不全不同，多囊卵巢主要的异常症状包括排卵功能的障碍，或者女性体内的雄激素分泌过多，其与黄体功能不全还存在那几方面的区别呢？
第一，黄体功能不全在临床上一般不会造成任何的异常体征，偶尔可能表现为月经间隔时间变短，月经次数增多，以及女性不孕等，严重的情况下可能会在孕早期出现习惯性流产。而多囊卵巢在临床上主要的症状包括月经紊乱，以及由于雄激素分泌过多而导致的一系列异常的体征等。其中，月经紊乱的症状可以表现为排卵功能的障碍，以及月经稀少甚至消失等，这种情况往往同时伴随子宫内膜的非典型增厚。而体内的雄激素过多会导致体表毛发增多，皮肤粗糙以及毛孔扩大，头顶部脱发，脂溢性皮炎等现象。
第二，黄体功能不全通过实验室血清学生物化学检测一般可以发现孕激素的异常减低，以及超声诊断检查排卵之后到月经来潮间隔小于十二天，该疾病最常用的治疗措施是口服或者注射黄体酮，或者采用药物刺激的方法间接促进卵泡成熟。而多囊卵巢通过实验室血液学生化检测可以发现体内异常增高的雄激素水平，以及多普勒超声检查可表现为多囊卵巢。
黄体功能不全不是多囊卵巢，两者在多个方面均存在很大的区别，分别是发生的原由，在临床上的表现，实验室血液生化检测以及影像学放射检查结果等。前者是由于黄体功能不全所造成的孕激素分泌减少，而后者则是卵巢疾病导致的排卵异常。