通常藿香正气水不能治疗灰指甲。灰指甲指甲癣。甲癣可采用提高免疫力、局部药物治疗、全身药物治疗、物理治疗、手术治疗。
1.提高免疫力：补充营养素，多吃高蛋白和富含维生素的食物，提高机体的免疫力。积极治疗身体其他部位的癣病及慢性全身性疾病，提高自身抵抗力，防治并重，这样才有可能彻底治愈甲癣。
2.局部药物治疗：如果病情轻微可以通过局部外用药物缓解，遵医嘱外用涂抹如曲咪新乳膏、酮康唑乳膏等，局部药物治疗的效果有限，主要是因为药物不能很好渗透至整个甲，导致局部药物的浓度不足。
3.全身药物治疗：需要口服药物进行联合治疗，建议遵医嘱口服伊曲康唑分散片和盐酸特比萘芬片等，药效作用时间长，对皮肤癣菌、酵母菌、其他霉菌有抑菌和抗菌、杀菌作用。
4.物理治疗：主要有激光治疗、光动力治疗、离子导入治疗等，可以使患病区域接收高密度能量，不会对正常组织造成损害，杀伤病原微生物，从而达到甲真菌病的治疗目的。
5.手术治疗：主要有拔甲术和病甲清除术，在局部麻醉下，将患甲拔除或将嵌甲的部分甲板竖向去除，从而解除甲板对甲沟的挤压，术后易出血和疼痛，也要配合药物辅助治疗。
甲癣的病程缓慢，如果不进行治疗，可终身不愈，需要坚持用药，积极治疗实现治愈。