灰指甲的治疗一般以药物治疗为主，但是针对灰指甲治疗的药物中，有一些可能会伤害肾脏器官，所以对于这种疾病的治疗，一定要以正规的方式进行治疗，要选择专业的医院进进行治疗。下面就灰指甲的治疗方式进行介绍：
1.先将修剪指甲的刀具消毒(洗净修剪指甲的刀具用高压锅消毒30分钟，防止不小心划伤皮肤造成局部感染)，选光线好无风的地方放置合适的操作台，先取干净的纸巾铺开放好(用来收集被剔掉的带病菌的病甲，以免到处散落，传染他人);
2.取好体位，将要治疗的部位及周边用达克宁霜涂抹一遍，重要的是操作的双手也一同用达克宁霜涂抹一遍，取出消毒好的修剪指甲的刀具，再用棉签蘸碘酒消毒刀具，用刀具小心地剪、刮增厚的甲体，将疏松、没有光泽的异常部分一点一点的剔掉，以不要划伤皮肤为宜。
3.完成后，在剔掉病甲后暴露出的健康正常的部位马上用达克宁霜涂抹，凡是有可能接触到病甲的地方均应涂到，包括用具。
4.将纸巾小心的包裹好剔下的病甲，丢进垃圾桶并焚烧，术前穿戴的鞋袜最好不要再用(因为上面携带的病菌会使你反复感染)。
5.到此仅完成了一半，接下来我们要保护好健康的指(趾)甲，保证它全天候的都在药物的保护之下，每天早上起床一定涂药，每次洗干净手脚后，应立刻涂上达克宁霜，周围部位一周内要涂药，局部要涂药到健康的指(趾)甲重新长出，长好为止。
2.对有股癣、体癣并发症的患者应先用达克宁霜涂药治疗。每次洗干净身体、及手脚后，应立刻涂上达克宁霜，从每天早上起床开始，保证它全天候的都在药物的保护之下。化脓性甲沟炎和丹毒等并发症，出现皮肤红肿、疼痛、发烧等症状的患者应配合全身药物治疗，症状控制后再按第1种方法进行处理，就可以达到治愈的目的了。
3.取大蒜4～5瓣，去皮捣烂，放入干净的玻璃瓶内，加入100毫升质量较好的食醋，浸泡3～4天即成醋蒜液。将患处放入醋蒜液浸泡15分钟，然后用棉球蘸醋蒜液包裹于患处。每日早晚两次，直至症状全部消失。
4.将白颜色的凤仙花捣烂，敷在指甲上包扎起来，一天换一次，大约一个月左右见效。
另外需要知道的就是，如果有一个指甲患病，那一定要及时的治疗，因为灰指甲是具有传染性的疾病，如果一个指甲患病，就会连累其他的指甲，所以及时尽早的进行治疗，是针对灰指甲这种疾病，最重要的一环。