胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。作为母体来讲，自身的子宫环境及内源性激素不足，就满足不了胚胎着床的需要，就有可能造成胚胎的不着床或者是停育和流产。
因此，除了胚胎质量的因素，宫腔环境、凝血功能、免疫功能等都会影响都胚胎的着床。
子宫内膜的容受性
子宫内膜的容受性是影响胚胎着床的最为关键的因素之一，是指内膜的一种状态,在这种状态下囊胚能够黏附,穿入内膜并诱导内膜间质发生一系列变化,最终植入内膜,这段时间称为“着床窗口期”。影响子宫内膜容受性的因素众多，包括：子宫内膜厚度、形态等。
如果出现子宫内膜太薄，或有息肉、粘连等子宫异常的情况，应当尽快处理，通过药物、手术等治疗手段使其符合需求。
内分泌因素
常见的内分泌异常包括甲状腺功能异常(甲亢、甲减)、高泌乳素血症、高胰岛素血症、多囊卵巢综合征等疾病。通常肥胖、胰岛素抵抗、没有控制的糖尿病患者，复发性流产的几率较高，推测与胚胎着床机制有关。
免疫因素
近年来对免疫因素的研究认为有两种免疫情况影响受孕，一是同种免疫，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母体与胎儿间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。另一种是自身免疫，即不孕女性血清中存在透明带自身抗体，与透明带起反应后可防止精子穿透卵子，因而阻止受精。
凝血功能
凝血功能异常主要有抗磷脂抗体综合征、凝血因子异常等，易导致子宫内膜局部供血不足，或造成胎盘局部微血栓形成，引起胚胎缺血缺氧，甚至胎盘梗死，使胚胎着床的几率下降。
综上所述，影响胚胎的着床因素有很多，即便胚胎质量不好，依然有几率着床成功。但考虑优生的前提，质量不好的胚胎，医生是不鼓励继续孕育的。