以胆道感染，胆管炎和胆石症最常见。
华支睾吸虫病的并发症很多，中山医科大学统计的2214例，有并发症21种共1220例占55.10%。最常见为胆道感染、胆囊炎和胆石症等胆系并发症，共474例占21.41%。虫很多时还能阻塞胆道，引起阻塞性黄疸，有自胆总管去除450条成虫后得以痊愈的病例。此外，引起细菌性肝脓肿10例，占0.45%，并发肝硬化135例，占6.09%，胆管细胞癌5例，占0.22%。在儿童引起侏儒症32例，占1.44%。并发胰腺炎、糖尿病等胰腺疾患28例，占1.26%。并发溃疡病、慢性胃炎、慢性结肠炎等胃肠道疾患208例，占9.39%。
根据对广州地区有华支睾吸虫感染者10486例和无此吸虫感染者87039例住院病历的分析结果，胆石症、胆管炎、胆囊炎、肝硬化、原发性肝癌和糖尿病的发生率有此吸虫感染者显著高于无此吸虫感染者。
在流行区常见先感染华支睾吸虫后再感染病毒性肝炎者。患病毒性肝炎后，其乏力及纳差等消化道症状会明显加重，肝、脾大可较显著，肝功能不易恢复正常，并常存在肝胆道感染，其黄疸亦较难消退。亦有慢性病毒性肝炎患者再感染华支睾吸虫而致病情加重的报道。