棘阿米巴角膜炎属于慢性角膜炎的一种类型，在发生病原体感染之后病情发展较慢。患者通常单眼起病，以眼部肿痛、见光流泪为首发症状，之后会逐渐发展为角膜上皮浑浊或者糜烂，甚至会造成角膜穿孔，严重影响视力。这些表现与单纯疱疹病毒性角膜炎相似度较高，需要通过以下几种检查鉴别。
1.湿封片检查
这类检查具体的方式是将出现病变的角膜组织切除，使用10%的氢氧化甲溶液封存在玻璃片上进行观察，如果是棘阿米巴角膜炎，通常会发现这种原虫特有的双层壁包囊形态。
2.原虫培养
原虫培养主要是将刮取的角膜组织与大肠埃希杆菌肉汤进行混合后，滴注在无营养的琼脂培养皿表面，在35摄氏度的条件下进行3-7天的培养，如果患有棘阿米巴角膜炎，通常会发现的大量的病原体包囊和滋养体。
3.免疫荧光检查
免疫荧光检查主要是用于确定导致患者出现棘阿米巴角膜炎的病原体的具体类型，通常不同的病原体在荧光检查是会出先不同的颜色表现，检查结果准确度较高，但是目前在门诊中还不普及。
4.病理切片染色
病理切片检查通常使用环钻钻取的方式提取病变的角膜组织，经过固定、脱水、浸蜡、切片等处理后，使用苏木精或过碘酸进行染色，如果患病，经过染色的组织中会出现明显的包囊形态，除了这两种染色剂，吉姆萨染色方式也经常被使用。
以上四种检查棘阿米巴角膜炎虽然准确度较高，但是都属于有创检查，容易对角膜造成额外的伤害，因此，对于一些特殊的情况，可以通过共焦显微镜观察的方式进行检查，这种方式不会造成创伤、同时具有对比性强、能够在早期诊断的优点，不仅能够检查是否患病，同时可以确定角膜具体的损伤情况。