1.结肠血吸虫病 有血吸虫疫水接触史，起病较缓，间歇性腹泻，肝脾肿大，血中嗜酸性粒细胞明显增加。粪便或肠黏膜活检可找到虫卵，大便孵化试验阳性，血清学检查可检测到虫卵的特异性抗体。
2.细菌性痢疾 好发于夏秋季，有腹痛、腹泻与脓血便。急性期病人多有发热，外周血白细胞总数和嗜中性粒细胞增多，且常出现于消化道症状之前，粪便中粪质少，呈鲜红黏胨状，无臭味。本病大便次数多于阿米巴肠病，里急后重感较重，可出现毒血症症状。镜下可见大量脓细胞和红细胞，并有巨噬细胞。粪便培养可检出痢疾杆菌。
3.肠结核 大多数患者有原发性结核病灶存在，有午后低热、盗汗、消瘦等结核中毒症状。粪便多呈黄色稀便，带黏液而少脓血，腹泻与便秘常交替出现，OT试验阳性。结肠镜及X线钡剂灌肠检查有助于诊断。
4.结肠癌 患者常年龄较大，癌肿位于左半结肠者常有排便习惯改变，粪便变细，含血液，有进行性腹胀。癌肿位于右半结肠者常表现为进行性贫血、消瘦、不规则发热等，有排便不畅感，粪便多呈糊状，大便潜血阳性，晚期可扪及腹部包块。钡剂灌肠和结肠镜检查有助于鉴别。
5.溃疡性结肠炎 本病的临床表现与慢性阿米巴肠病相似，有时鉴别较困难，但多次病原体检查、血清阿米巴特异性抗体检查、结肠镜检查或诊断性治疗有助于鉴别诊断。