(一)治疗
1.毛霉目感染治疗原则 包括控制基本疾患，清除感染坏死组织，并及时静滴两性霉素B。在不危及患者安全的前提下应减量或停用免疫抑制药物。
(1)系统治疗：两性霉素B至少1.0mg/(kg·d)，疗程8～10个月。合并粒细胞缺乏和其他免疫缺陷时，两性霉素B剂量为1.0～1.5mg/(kg·d)，不能增量。如感染不能控制，应考虑换用两性霉素B脂质体，剂量为3～5mg/kg或更高，连续用至患者恢复正常，或至少先用2周，然后换用普通剂型两性霉素B。最近有用氟康唑、伊曲康唑治疗毛霉感染获成功的报道，但由于例数极少，其确切的临床疗效尚难确定。
(2)局部治疗：如果感染局限在肺的某一区域且在48～72h内对两性霉素B治疗无效时应考虑做手术切除治疗。有时做楔形切除即可达到目的，但常需做整个肺叶或肺段的切除。但不适于较广泛的感染。对于皮肤毛霉目所致感染患者，切除坏死的皮损及周边感染组织是最重要且有效的治疗手段，手术切除后需植皮。
2.蛙粪霉感染治疗 用饱和碘化钾溶液有效，30mg/kg，也可口服酮康酮400mg/d。很少用两性霉素B。外科切除术并不能根治。耳霉感染主要以手术切除为主。有时可能对碘制剂和口服唑类药有治疗反应。制霉菌素及灰黄霉素无效。
(二)预后
该病的预后与基础疾病、感染类型及是否得到早期诊断和治疗有关。毛霉目感染病程短，发展快，死亡率高达80%～90%。