金黄色葡萄球菌在自然界中无处不在，空气、水、灰尘及人和动物的排泄物中都可找到。因而，食品受其污染的机会很多。
金黄色葡萄球菌多见于春夏季。中毒食品种类多，如奶、肉、蛋、鱼及其制品。此外，剩饭、油煎蛋、糯米糕及凉粉等引起的中毒事件也有报道。上呼吸道感染患者鼻腔带菌率83%，所以人畜化脓性感染部位常成为污染源。
一般说，金黄色葡萄球菌可通过以下途径污染食品：食品加工人员、炊事员或销售人员带菌，造成食品污染;食品在加工前本身带菌，或在加工过程中受到了污染，产生了肠毒素，引起食物中毒;熟食制品包装不严，运输过程受到污染；奶牛患化脓性乳腺炎或禽畜局部化脓时，对肉体其他部位的污染。
金黄色葡萄球菌是人类化脓感染中最常见的病原菌，致病力强弱主要取决于其产生的毒素和侵袭性酶。其产生的毒素和酶具有溶血、坏死、杀白细胞及血管经暖等作用，是化脓性感染的主要原因。