甲亢易发生于生育年龄的妇女，故妊娠合并甲亢的病例时有所见。遇到这种情况，孕妇和家属最关心的是胎儿的去留。
一般而言，对于病情较轻者可适当用抗甲状腺药物(他巴唑或丙基硫氧嘧啶)加以控制，继续怀孕。如何控制，则大有讲究。用抗甲状腺药物治疗甲亢的目的是使母亲的甲状腺功能控制在轻微甲亢状态或正常上限水平，并预防胎儿发生甲亢或甲低。在妊娠的不同时期，抗甲状腺药物的用量具体如下：
1.妊娠早期
妊娠1～3月时胎儿的甲状腺尚未发育成熟，不具备吸碘功能，此时可用充足的抗甲状腺药物治疗。所用的剂量应能尽快控制甲亢症状，以利妊娠中、后期减量。
2.妊娠中期
妊娠4～6月，胎儿的甲状腺功能基本发育成熟，抗甲状腺药物应减至较小剂量。因抗甲状腺药物均可以通过胎盘，大剂量使用时，可引起胎儿甲状腺肿和甲状腺功能低下，影响大脑发育，甚至发生克汀病。故此时甲亢症状不宜控制太严格，可保持甲状腺功能处于较正常稍高的水平。
3.妊娠后期
妊娠7～9月及胎儿出生前的一段时间，此时是大脑发育的关键，抗甲状腺药物的用量应进一步减小或停用。
4.哺乳期
由于抗甲状腺药物能进入乳汁，可造成婴儿甲状腺功能低下，影响大脑发育，故哺乳期妇女应停用抗甲状腺药物。若因病情需要，必须服用抗甲状腺药物，则应停止母乳喂养，而采用人工喂养。
对于有无必要终止妊娠，则应从胎儿和孕妇两方面加以权衡利弊：
1.若继续妊娠对母亲会造成很大风险则宜做人工流产
(1)孕妇的甲亢病情较重而难以控制或已并发甲亢性心脏病，没有得到缓解，随着妊娠的进展，心脏负担势必日益加重而威胁孕妇的生命安全。
(2)甲亢病人如发生早孕反应不能按时、按量服药，难以观察病情变化，或对抗甲状腺药物不能耐受，最好尽早做人工流产。
2.若对胎儿会引起生长发育障碍、畸形或远期不良后果，也应终止妊娠
(1)半年内进行过放射性碘(131I)治疗的甲亢孕妇，或孕妇作过放射性碘诊断检查者，在计划怀孕以前均需抽血检验，以免影响胎儿的发育特别是大脑的发育。
(2)甲亢孕妇病情较重，应用抗甲状腺药物的剂量较大，后者通过胎盘抑制胎儿甲状腺功能的威胁较大，可能对胎儿带来严重的并发症。