临床上诊断假膜性肠炎，应注意与下列疾病相区别。
1.肠扭转或肠套叠复位术后 肠扭转或套叠造成肠管缺血、缺氧，在血循环改善后，由于毒素吸收出现高热及腹泻，有时需和假膜性肠炎鉴别。肠扭转或肠套叠复位术后出现的腹泻来自于肠道积存的内容物，腹泻的次数和量少于假膜性肠炎而且不会越来越多，内容物中所含的有形成分也多于假膜性肠炎，尽管可以有短暂的全身中毒症状但总的趋势呈逐渐缓解。大便不会出现典型的水样，更不可能有假膜，细菌涂片或培养不以球菌为主，也无难辨性梭状芽孢杆菌。
2.溃疡性结肠炎 溃疡性结肠炎往往有长期腹泻史，严重者每天可有十多次水样便，少数急性起病者发病急骤，可有全身严重的毒血症状，广泛的结肠病变可有中毒性巨结肠表现，直至发生肠穿孔和弥漫性腹膜炎。溃疡性结肠炎的病变以结肠、直肠为主，缺少假膜性肠炎的致病原因，有反复发作的趋势，粪便检查没有假膜和相关病原体，黏膜所见为多发性溃疡及息肉，X线检查和结肠镜检有助于作出诊断。
3.克罗恩病(克隆病) 多见于20～40岁，男女发病率大致相等，急性发病者有回肠充血水肿、肠系膜增厚淋巴结肿大，可出现发热、腹痛、肿块及穿孔。克罗恩病的病程较长，症状时轻时重呈间歇样发作，腹泻不严重，大便常为不成形稀便无假膜形成，与使用抗生素药物无关。最后确诊需要钡餐和钡灌肠、结肠镜检查和组织活检。
4.出血性坏死性肠炎 出血性坏死性肠炎与肠黏膜缺血损伤、细菌感染有关，多见于婴幼儿及儿童，男性高于女性，病变以小肠为主，肠黏膜阶段性充血、水肿、出血、坏死，可伴肠系膜及所属淋巴结炎症。可有急性腹绞痛、腹泻、便血和毒血症，粪便有特殊的腥臭味。发病1～2天内出现全身衰竭、寒战、发热、白细胞升高与核左移、出现中毒颗粒等毒血症表现。轻型出血性坏死性肠炎只出现腹泻和仅含有少量血性水样便时不易和假膜性肠炎鉴别。