尖锐湿疣常用药物包括0.5%鬼臼毒素酊，三氯乙酸溶液，10%~25%足叶草酯酊，5%咪喹莫特软膏及2.5%~5%氯尿嘧啶软膏。不同药物有不同的使用方法，患者应有一定的了解。
1.0.5%鬼臼毒素酊。此为首选药，方法是将药液涂于疣体上，每天用药2次，连续3天为一个疗程。如果疣体没有脱落，则在休息4天后继续第二疗程用药，一般可连续用药三个疗程。不良反应为局部红肿、疼痛，没有发现全身不良症状，孕妇禁用。
2.10%~25%足叶草酯酊。由于毒性较大，以逐渐被其提纯产物0.5%鬼臼毒素酊替代。每次用药量不得超过0.5ml，每周一次，1~4小时后将药液洗去。用药6次未治愈，应改用其他疗法，孕妇禁用。
3.三氯乙酸溶液。此为化学腐蚀剂，浓度为30%~80%不等，应由有经验医生使用，不宜交患者本人使用。直接将药液涂于皮损处，每天一次。
4.2.5%~5%氯尿嘧啶软膏。其作用机制为干扰并抑制RNA的合成，外用每天1~2次，直至疣体脱落。若周围正常的皮肤黏膜出现红肿、糜烂，应暂停使用。
5.5%咪喹莫特软膏。此药一般在睡前使用，隔日一次，疗程可达16周。此药物可引起外用部位皮肤出现红斑、糜烂、水肿、剥脱等反应，并可引起瘙痒、疼痛等轻、重度刺激。