常需与以下疾病鉴别。
1.急性阑尾炎或阑尾周围脓肿 肠系膜淋巴结炎误诊为急性阑尾炎的机会最多。本病压痛部位较阑尾炎压痛点稍高，且偏内侧，压痛点不固定，少有反跳痛与腹肌紧张。而转移性右下腹痛，右下腹明显固定压痛点的持续存在是阑尾炎的特点。
2.原发性腹膜炎 也多见于儿童，但女孩较多。腹痛较重，范围较广，下腹部的腹膜刺激征也较明显。腹腔诊断性穿刺可抽出稀薄的脓性分泌物，涂片镜检，可发现大量革兰染色阳性的球菌。
3.肠系膜淋巴结结核 多继发于肺结核、肠结核之后，病程较长，伴有明显的结核性中毒症状，腹痛不剧烈，部位不明确，腹部体征较轻。