(一)治疗
1.非手术治疗
(1)溶栓与抗凝：急性肠系膜静脉血栓形成一旦诊断确立，应立即给予抗凝治疗。发病时间少于1周的同时给予溶栓治疗，超过1周则以抗凝为主。血栓形成早期做保守治疗，肝素(2.5～4.0)×104U/d，经静脉或皮下给予;尿激酶(60～120)×104U/d或去纤酶10U/d静脉滴注，可取得良好效果。对保守治疗者，抗凝治疗时间应控制在2周以内，溶栓时间5～7天。用药期间要监测患者的血小板和活化部分凝血激酶时间，使其控制在用药前2～2.5倍之间。所有患者停用肝素后，继续口服华法林3个月，有高凝状态者则需终生抗凝。
(2)补充血容量：输血和平衡液，纠正存在的严重循环血容量不足。
(3)胃肠减压。
(4)抗感染：给予大剂量广谱抗生素，并持续用至术后。
保守治疗期间应严密观察症状和体征变化，若患者无明显缓解或出现肠坏死表现，应立即急诊手术探查。
2.手术治疗
(1)切除坏死肠管：和动脉闭塞不同，静脉血栓形成更常发生于外周的属支而非主干，因此通常较短段肠管被累及，故一般可切除失活的肠管和端端一期吻合。为减少毒素的吸收，术中可首先切除坏死肠管。
急性肠系膜上静脉血栓形成的肠坏死为出血性梗死，坏死段与正常段之间有中间过渡带，界限并不十分清楚，在过渡带中仍有动脉搏动存在。因此，术中单纯依靠肠系膜动脉搏动的有无，来决定肠管的取舍并不可靠。在受累小肠长度不足1/2时，可将受累小肠及其系膜全部切除。而当小肠坏死超过1/2以上时，则须慎重对待，准确地判断肠管生机，尽量保留可能存活的肠管。小肠广泛切除的预后极差。为了最大限度地保留有潜在生机的肠管，可将生机可疑的肠管暂时保留，术后24～72h内再次剖腹，将有坏死的部分予以切除。
(2)静脉取栓：血栓形成的延伸常超过肉眼可见的梗死区，肠系膜上静脉主干和门静脉内经常都有血栓存在，而后者是术后再发肠坏死的重要原因。因此，在肠切除后，除了将系膜残端血管内的血栓完全清除外，还需在肠系膜上静脉或门静脉做切口，将其内的血栓取出。
(3)术中抗凝：急诊手术者，手术中即应开始肝素抗凝，持续至术后6～8周。Abdu等人复习了大量文献后注意到，肠切除加抗凝治疗者生存率为80%，而单作肠切除者生存率为50%。
(二)预后
其预后稍好于因动脉闭塞所致肠梗死者。最重要的预后因素是在广泛血栓形成之前早期手术处理。
套叠、消化道穿孔等疾病相鉴别。