急性化脓性甲状腺炎的并发症较为罕见，主要因甲状腺功能紊乱、脓肿压迫，或感染的局部或全身扩散而引致。
1.甲状腺功能紊乱 由于腺体的破坏，临床可出现暂时性甲状腺功能减退和黏液性水肿。
2.脓肿压迫症状 甲状腺脓肿压迫神经和气管，可出现声带麻痹、气管阻塞、局部交感神经功能紊乱等表现。
3.感染局部蔓延 甲状腺脓肿破裂向周围组织和器官(如前纵隔、气管及食管)穿破及扩散，可引致颈内静脉血栓形成和气管穿孔等。
4.全身扩散 感染经血路全身扩散，病人可并肺炎、纵隔炎、心包炎、脓毒血症等。若延误治疗常可导致死亡。