甲状舌管囊肿一般可以微创手术，但是手术的难度可能会比较大，需要到正规医院让有经验的医师操作，在做手术时可利用内镜引导，将局部的囊肿进行切除，可以获得有效治疗。
甲状舌管囊肿是长期的刺激造成的，与局部发生炎症感染有关系，如果在保守治疗一段时间后没有达到效果或者是患病的时间比较久，可以选择微创手术治疗，能使患者疾病得到有效改善，但是在做手术时要让有经验的医师操作，因为难度和风险度都会有所提高，如果盲目操作，有可能会对周围的组织和神经造成损伤。
左甲状舌管囊肿手术的时候需要先进行全面检查，可以在内镜引导下，通过舌骨中分的切除以及囊肿的切除，达到治疗效果，有部分患者在手术过程当中还要把囊肿周围的组织一起完整清除，以免后期有复发情况。
手术后要注意恢复状况，创口部位可以使用碘伏和过氧化氢溶液涂抹，能防止发生感染，饮食上要以清淡食物为主。