甲状腺结核临床表现缺乏特异性，加之既往无结核病史，故在未获得病理诊断前，不容易确诊。临床上需要与之鉴别的甲状腺疾病有：
1.亚急性甲状腺炎本病好发于女性，是病毒感染后引起甲状腺滤泡破裂，胶质溢出造成，病程较长。核素扫描可显示冷结节，难与甲状腺结核鉴别。用甲状腺素或左甲状腺素治疗后症状可缓解，且有自愈的倾向。
2.慢性甲状腺炎主要是淋巴性甲状腺炎和侵袭性纤维性甲状腺炎，特别是后者可表现硬实的甲状腺结节，不易与增生型甲状腺结核鉴别。
3.甲状腺腺瘤或甲状腺癌甲状腺癌转移到颈淋巴结而误诊为淋巴结核并不少见。相反，亦有颈淋巴结核与甲状腺癌同时发生，也有些甲状腺结核合并颈淋巴结核，而被误诊为癌肿，Rankin分析21例误诊的甲状腺结核时发现，12例误诊为毒性弥漫性甲状腺，4例误诊为甲状腺腺瘤，4例误诊为慢性甲状腺炎，1例误诊为甲状腺囊肿并出血。高方报道的6例甲状腺结核均在手术前皆被误诊，其中误诊为甲状腺瘤4例，甲状腺癌1例，急性化脓性甲状腺炎1例。