对于疾病的鉴别是不能缺少的，特别是对于一些比较难断定的病患，和比较少见的病患，鉴别的必要性是不能忽视的，要想真正的了解一种病就必须要好好的鉴别一种病，鉴别每一种病，就会有每一种病的不同的鉴别方法，家族性慢性良性天疱疮要鉴别的疾病就是下面的几种。
鉴别诊断主要与下列疾病进行鉴别：
1.大疱性类天疱疮 多见于老年患者，基本损害为厚壁的张力性水疱或血疱。不易破裂，破裂后亦易愈合，尼氏征阴性，黏膜损害少见，组织病理检查水疱位于表皮下，直接免疫荧光检查见基底膜有线状的C3和IgG沉积。
2.重症多形红斑 皮肤及黏膜均可有大疱损害，常同时有多形性斑疹、丘疹、或紫癜，尼氏征阴性，有发热，起病急，早期治疗痊愈较快。
3.中毒性表皮坏死松解症 发病突然，进展迅速，全身症状严重，大疱发生于红斑基础上，面积很大，疱壁松弛起皱，类似大面积烫伤，尼氏征阳性，成人多为药物过敏引起，常有用药史。组织病理及免疫荧光检查可鉴别。
4.剥脱性皮炎型药疹 应与落叶性天疱疮鉴别。药疹在发病前多有用药史，一般在服药后3周内发生，皮疹损害多为麻疹样，或猩红热样红斑，逐渐发展为全身皮肤剥脱，起病较急，常伴有高热等全身症状，停药后皮疹渐减轻，落叶性天疱疮发病缓慢，很少自愈。组织病理及免疫荧光可以鉴别。
5.疱疹样皮炎 损害为多形性，成群的张力性绿豆至樱桃大小厚壁水疱，好发于肩胛，骶骨部及四肢伸侧等部位，尼氏征阴性，有剧痒，可缓解，但常反复发作，组织病理检查水疱位于表皮下。直接免疫荧光检查有真皮乳头的颗粒状IgA沉积。
除以上疾病外，黏膜的天疱疮损害须与阿弗他口炎、扁平苔藓、糜烂性红斑狼疮及良性黏膜类天疱疮鉴别。其他应与天疱疮加以鉴别的疾病有获得性大疱性表皮松解症，迟发性皮肤卟啉症等。
家族性慢性良性天疱疮就是一种比较容易和上面的几种混淆的，要想真正的鉴别这些病患。就要做好这些病患的了解，尽量不会因为误诊而导致疾病的严重性，鉴别好一种病患最重要的就是要了解这些疾病的症状。