1.肠梗阻为Crohn病较为常见的并发症，北京一组病例中占66%。肠梗阻的原因多见于纤维性狭窄的形成，也可由于急性炎症水肿所致。少数由于脓肿或粘连包块压迫引起。肠梗阻开始为不完全性梗阻，经保守治疗可迅速缓解。可反复出现，最终出现完全性肠梗阻。
2.瘘管形成病变侵及肌层及浆膜层，如进一步发展，与另一小肠肠段、结肠或邻近的内脏粘连穿透则形成内瘘。如瘘管通向膀胱、阴道，则尿道及阴道中排出肠内容物。肠瘘管可无症状或大量的腹泻(这取决于消化道中的流通量)。瘘管可向外延伸至皮肤，称为外瘘。往往发生于术后吻合口,也可能发生于无手术患者，常在肛门周围，偶尔在鼠蹊部或腰部出现。外瘘说明有广泛的肠周围炎，常被认为是手术治疗指征。瘘管发生率国外报道多为40%左右，北京一组病例中瘘管发生率为11.7%。
3.腹腔脓肿腹腔内瘘，如窦道继发感染则形成腹腔脓肿。好发部位多在相当于末段回肠的右下腹，其次是肝脾曲部位。临床表现为发热和腹痛，可出现具有压痛的包块。伴白细胞增高。CT、B超有助诊断，脓液培养多为革兰阴性菌属。
4.消化道出血上下消化道均可出血。以结肠病变所致便血较为多见。隐匿性慢性出血多于可见性出血。有报道可见性出血占17%～25%，少数病例可发生严重失血。常致缺铁性贫血。
5.肠穿孔Crohn病发生肠穿孔是较少见的，这是因为受累肠管的浆膜面往往与邻近的结构粘连。北京1组病例中肠穿孔占10%。
6.癌变Crohn病癌变发生率较正常人群高，西方国家报道为1%～3%。长期活动的患者，病变部位的肠段发生癌变的风险大。Crohn病患者患小肠癌的危险高于正常人群的100倍，但由于正常人群中小肠癌很少见，所以Crohn病小肠癌变的绝对危险还是相当低的。结肠型Crohn病患者结肠癌的危险仍在争论中。有证据表明，当病变范围较大时，其癌变的危险性较高。