本病主要发生于青壮年，以15～35岁为多见。高龄者以结肠受累为主。回盲部病变占50%以上，病变仅限于结肠者占10%，结肠和小肠均受累者占30%以上。起病多缓慢。
1.消化系统 腹痛是其最常见症状。疼痛多位于脐周和右下腹，为便前轻度绞痛或不适，便后可缓解。腹泻一般每天3～6次。由于胆汁酸、水和脂肪吸收障碍，故粪便呈半液状。病变累及结肠时，可出现大便失禁，表现里急后重。在病程后期可扪及包块。
如病变发生在口腔和会厌部。则表现有口疮样溃疡，口腔黏膜亦可有铺路石状改变。如累及声带，可发生声音嘶哑。口腔病变一般常与肠道克罗恩病同时发生。
食管受累主要表现吞咽疼痛、胸骨后痛、烧心感。胃及十二指肠受累可出现上腹痛、恶心、呕吐等，还可并发幽门梗阻。
肝胆病变以胆管周围炎和肝脏脂肪变性为多见，其次有坏死性肝硬化、肝门纤维化和慢性活动性肝炎，很少有肝脓肿、门静脉炎、淀粉样变性和肉芽肿性肝炎。
肠道并发症有：①肠梗阻：是由于病变肠段纤维化、瘢痕形成和炎症水肿所引起，约见于25%的病人;②瘘管形成：内瘘在小肠结肠同时受累时发生率较高，外瘘多数发生于手术后;③肛周病变：有肛周炎、肛裂、肛瘘、肛周溃疡、肛周脓肿等;④消化道出血：小肠局限性病变者多为隐血，结肠病变或广泛小肠病变者以血便为主，少数病例可有大出血;⑤肠穿孔：罕见;⑥中毒性巨结肠：病人可出现大量腹泻、恶心、呕吐、腹痛、腹胀、毒血症等;⑦癌变及假性息肉：约1%的病人可并发结肠癌;⑧吸收不良综合征：最常见的是脂肪、脂溶性维生素和维生素B12吸收不良，也可有蛋白质、电解质、叶酸、钙、镁、锌等吸收不良，吸收不良的原因主要是远端回肠功能失常，胆盐吸收障碍，以及小肠襻内细菌过度繁殖而致胆盐分解等。
2.皮肤 结节性红斑为本病常见的皮损，通常与疾病的活动性相平行，主要分布于下肢伸侧，有的可形成溃疡。
坏疽性脓皮病是一种深的、坏死性溃疡性皮肤损伤，疼痛明显，多位于下肢胫骨前区，常伴有全身症状。病变为单个，也可为多发性或广泛性。若不治疗，病变可向深部发展而引起骨髓炎。其他皮损包括湿疹、斑丘疹、红斑、荨麻疹和多形性红斑等。
3.关节炎
(1)周围关节炎：有10%～20%的克罗恩病患者发生周围关节炎，系克罗恩病最常发生的肠道外表现，并主要见于结肠受累的病人。其累及关节类似溃疡性结肠炎，为亚急性非对称性少关节炎。以膝关节最常受累，其次为踝关节，再次为肩关节、腕关节、肘关节、掌指关节。大关节较小关节易受累，下肢关节较上肢关节易受累。关节炎常不留畸形，但可引起关节疼痛、触痛，有时可伴有关节积液。关节症状一般持续数周甚至一个月以上。
(2)脊柱炎：1%～25%的病人可发生强直性脊柱炎，应用严格标准确定约为5%。大多数病人骶髂关节症状不明显。关节放射学检查发现的骶髂关节炎要比有症状的骶髂关节炎多3倍。脊柱炎可发生于肠道病变之前、之后或同时，且与肠道病变活动性不平行。控制肠道症状脊柱炎也不会缓解。部分病人可出现杵状指，尤以小肠上段受累者多见。有杵状者，其内瘘和吸收不良的发生率也较高。
4.泌尿生殖系统 尿路结石是克罗恩病常见的并发症，多见于结肠切除和回肠造瘘术者。这可能是由于严重腹泻或回肠造瘘使大量分泌物丧失，尿液浓缩，引起尿pH值降低，而形成尿酸盐结石。胆盐吸收障碍，使小肠内草酸盐吸收过多，也是引起尿路结石的原因。此外，梗阻性肾盂积水、肾周围脓肿和肾淀粉样变病及肠瘘管形成导致尿路病变等，也可引起尿路结石。
5.其他 病人可有不同程度的发热。部分病人可出现睑缘炎、结膜炎、角膜炎、角膜溃疡和巩膜炎等。眼部表现一般发生在肠道病变的急性恶化期，病情缓解时即消失，但可反复发作。此外，病人卧床休息、毒血症、手术、凝血活酶生成增多及血小板增多等，均可引起静脉血栓形成，偶尔也可出现广泛性动脉血栓形成。
临床上遇有慢性腹泻、腹痛、发热、贫血、体重减轻、腹部包块、肛门病变和低蛋白血症者，应考虑本病。结合X线检查、内镜检查和活组织检查，即可确诊。