牙根变黑常见的原因有不良习惯、牙龈炎、龋齿、艾迪生病等。
1.不良习惯：经常习惯性饮用浓茶、咖啡、可乐等深色饮食都会使牙齿变黑变黄。其它一些不良习惯如嚼槟榔、抽烟等也会因为深色素日积月累沉积在牙齿表面，有的甚至渗透入牙齿珐琅质内部，造成牙齿变色。日常生活中要时刻注意，才能避免，不需要特殊治疗。
2.牙龈炎：通常牙龈炎是由于牙菌斑、牙石等原因引起，常伴有牙龈出血、牙龈颜色异常等症状，所以可能造成牙龈根变黑的现象。一般可以通过应用过氧化氢、头孢拉定等药物进行治疗，症状较为严重时也可以进行洁治术的方式进行治疗。
3.龋齿：通常龋齿是由于细菌感染、饮食不良等原因引起的，常伴有牙齿颜色变化、牙痛等症状，所以可能造成牙龈根变黑的现象。一般可以通过应用氟化钠甘油糊剂、硝酸银和氨硝酸银等药物进行治疗，症状较为严重时可以进行牙齿充填术、根管治疗术等方式进行治疗。
4.艾迪生病：即肾上腺皮质功能减退症，可能导致牙齿根部连接牙龈的部位发黑，此时需及时治疗原发病，可遵医嘱使用糖皮质激素、盐皮质激素等进行治疗，出现肾上腺危象者还需及时补充体液，以免造成脱水。
除此之外，还有牙周炎、牙结石、牙髓炎等原因引起，由于导致牙齿根部发黑的原因较多，建议患者前往口腔科就诊，查明原因并在医生指导下进行治疗。