糠秕孢子菌毛囊炎主要应与细菌性毛囊炎、寻常型痤疮、丘疹型皮肤念珠菌病、嗜酸性脓疱性毛囊炎等疾病相鉴别。
细菌性毛囊炎由细菌引起，起病急，病程较短。损害为红色毛囊丘疹，顶端迅速化脓，周围绕以红晕，主要有痒痛感。寻常型痤疮惯发于颜面部、上胸与背部，典型有黑头损害。丘疹型皮肤念珠菌病损害外观似糠秕孢子菌毛囊炎，但前者半球形丘疹顶端常伴圈状脱屑，患者多为体胖婴幼儿。直接镜检可见假菌丝和孢子。嗜酸性脓疱性毛囊炎为原因不明的毛囊丘疹脓疱性损害。男性为主，伴有周围血中嗜酸粒细胞显著升高，可达40%。口服或外用皮质激素有效。