自从使用抗菌素以后，淋病的合并症已大为减少，出现合并症，多数是由于急性期未得到及时有效的治疗，或者患者体弱，抵抗力低下。有其它内脏疾病，或妊娠期和月经期。月经期内性交行为，可能促进淋球菌急性上行感染，在男性，淋病由前尿道上行感染，蔓延至后尿道，引起后尿道炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎、睾丸炎、尿道球腺炎及包皮腺炎，临床上出现局部红肿热痛、触痛，部分可形成脓肿及会阴坠胀、疼痛不适。也可出现尿频、尿急、尿痛、血尿、排尿困难、尿液混浊。严重时有发热、畏寒、外周血白细胞升高。反复发作可导致尿道狭窄、输精管狭窄或梗阻，继发不育。在女性，炎症上行感染，可蔓延至子宫内膜、输卵管、卵巢、盆腔、肝周，也可波及前庭大腺、尿道旁腺，引起局部炎症或脓肿。临床上出现下腹部隐痛、坠胀、局部压痛、触痛、腰背酸痛、白带和分泌物增多，严重者可产生腹膜刺激征和全身症状。反复发作可致输卵管的狭窄或闭塞，导致宫外孕和不孕症。