颅骨纤维异常增生症多见于青少年，也可见于成年人，以女性多见。各颅骨均可受累，在临床上病变多侵犯额骨、顶骨和颞骨，尤其是颅底部分。绝大多数病人可无任何临床症状，个别病人可出现轻微的头痛。最常见的临床表现为头面部外形的改变和颅骨局部的非对称性突起。隆起骨质较软，呈硬橡皮状，内含砂粒样骨化小岛。由于变性增厚的颅骨绝大多数向颅外发展，而不向颅内生长，因此很少出现脑受压及颅内压增高的临床表现。临床上以单发病变或病变局限在一个部位、同时侵犯相邻的几块颅骨多见。近几年来有关多发性病变同时侵犯身体其他部位骨骼的报道也不少见。病变可只侵犯颅盖骨，造成颅骨局部的外突畸形，也可侵犯颅底骨，出现相应的临床表现。例如病变侵及颅前窝眼眶周围骨质，可导致眼眶缩小，眼球外突，眼球活动受限;病变侵及上颌骨，使上颌骨增生硬化，造成面部膨起，可出现“骨性狮面”;病变侵及鞍区和蝶窦时，可致视神经孔狭窄，视神经受压萎缩，病人可出现进行性视力下降，甚至失明;病变侵犯垂体，可出现一些内分泌的症状，如性早熟现象等。发生在颞骨的病变，可造成外耳道的狭窄，导致传导性的耳聋。发生在颅骨以外部位的病变，常见于脊椎骨及下肢的骨骼，可因类似的病理改变而发生骨折。
根据发病年龄、部位等临床表现，特别是结合颅骨X线表现的特点，可以做出诊断。