支气管扩张症应是一种不可逆性肺损害，必须与具有类似临床症状、体征和影像学改变的一些疾病进行鉴别。主要与下列疾病相鉴别。
1.慢性阻塞性肺疾病(COPD) 与支气管扩张症不同，慢性阻塞性肺病常有吸烟史或接触有害粉尘或物质职业史，临床上表现为慢性咳嗽、咳痰，痰多为白色黏液性，脓性痰少见，极少咯血，肺功能呈阻塞性通气功能障碍，HRCT常发现小叶中央型肺气肿征象。
2.肺脓肿 往往有急性起病的病史，病初表现为高热、咳嗽和咳大量脓臭痰等。胸影像学检查可见局部炎性高密度影，其中有空洞及液平，病灶往往呈单发，多位于右上叶后段、下叶背段或下叶后基底段。未及时给予抗感染治疗或疗效欠佳，空洞呈厚壁的慢性纤维组织增生，病程超过3个月，则形成慢性。
3.肺结核 常见午后低热、夜间盗汗、消瘦和乏力等结核中毒症状;肺部病变多位于上肺或下叶背段，病变部位的湿?音常见于咳嗽后更明显;胸部影像学检查可见增殖、浸润和空洞等多种表现形式;痰结核杆菌检查阳性可确诊。