预防乙脑的关键是抓好灭蚊、人群免疫及动物宿主的管理。
1.灭蚊是预防乙脑和控制本病流行的一项根本措施。要消灭蚊虫的滋生地，冬春季以灭越冬蚊为主，春季以清除滋生地与消灭早代幼虫为主，夏秋季以灭成蚊为主，同时注意消灭幼虫，灭蚊应贯彻“灭早、灭小、灭了”的原则，喷药灭蚊能起到有效作用，此外，应使用蚊帐、搽用防蚊剂及蚊香、灭蚊器等防蚊措施。
2.人群免疫预防接种是保护易感人群的有效措施。目前大规模生产和使用的疫苗有三种：鼠脑灭活疫苗、细胞培养灭活疫苗和细胞培养减毒活疫苗。
鼠脑灭活疫苗采用的是中山株或北京-1株，由于北京-1株可诱生较广的中和抗体应答，而且接种北京株后鼠脑中抗原产量较高，目前北京株已取代了中山株，鼠脑灭活疫苗接种方法，国际上推荐儿童期初免为注射2针，间隔1～2周，初免的防病效率为95%以上，亚洲许多国家采用的方法是初免2针，间隔约4周，1年后加强，嗣后每隔3年加强1次的程序。但是连续加强后免疫力的持续时间尚未确定。由于此种疫苗价格较高，且有疫苗相关不良反应发生，很难大规模使用。
目前我国使用的细胞培养灭活疫苗是地鼠肾细胞组织培养的乙脑灭活疫苗，中国用北京P-3株制备的效果较好，保护率为60%～90%。初次免疫采用皮下注射2次，间隔7～10天，第2年加强1次，连续3次加强后不必再注射，可获得持久免疫力。免疫所用剂量因年龄不同而异，1～6岁0.5ml/次，7～12岁1ml/次，成人2ml/次，皮下注射后可有局部肿痛及淋巴结肿大，偶可发生发热、皮疹等全身反应。预防接种后获得的免疫力通常在最后一次注射后的2～3周发生，一般能维持4～6个月，故预防注射应在流行季节前1个月完成。重点对象是10岁以下儿童和从非流行区进入流行区的人员，接种时应注意不能与伤寒三联菌苗同时注射，有中枢神经系统疾患和慢性酒精中毒者禁用。
近年来，采用原代地鼠肾细胞培养制备的减毒活疫苗进行免疫，作1∶3和1∶5稀释后皮下接种0.5ml，次年加强1次0.5ml，血清中和抗体阳转率为100%，若1∶50稀释则中和抗体阳转率为83.3%，目前接种人数已超过5000万人，通过对人体扩大观察结果进一步证明减毒活疫苗接种是安全的，免疫反应也是满意的，中和抗体阳转率高，效果好，与日本乙脑减毒活疫苗S-株试验结果相似。减毒活疫苗中，免疫原性14-2株最好，5-3株次之，灭活疫苗则较差。由于减毒活疫苗的应用费用较昂贵，急需要发展表达包膜蛋白的基因重组疫苗。
最近Konish报道，在猪身上试验两种乙脑DNA疫苗，以评价它们的免疫原性，两种疫苗质粒均包括乙脑病毒的前膜蛋白(preM)的信号肽，前膜蛋白，以及外壳的编码区域，仅载体质粒有所不同，分别命名为PCJEME和PNJEME，结果发现两者免疫原性无显著差别。猪应用100～450mgDNA疫苗二剂(相隔3周)l周后中和抗体和血凝抑制抗体达1∶40～1∶160。并且能维持245天以上，这说明，这两种DNA疫苗能诱导病毒特异性记忆B细胞较长时间产生抗体存在。
最近Monath报道一种新的减毒活疫苗ChimeriVax-JE，它是黄热病毒17D的包膜蛋白基因为乙脑病毒包膜蛋白基因所取代，即将乙脑病毒SA-14-214疫苗株的preM基因插入黄热病毒17D的cDNA中，已用于早期临床实验，单剂使用即能产生较好的免疫原性。Pan等将含有编码乙脑病毒包膜蛋白的序列的重组质粒疫苗应用于小鼠，可诱导包膜蛋白特异性抗体的产生，从而产生保护性免疫。其他的疫苗研究，包括裸DNA疫苗、口服疫苗及重组亚单位疫苗尚在实验阶段。
3.动物宿主的管理猪是乙脑传播的主要中间宿主，在乡村及饲养场要做好猪的环境卫生工作，管好家禽，蚊季可用中草药如青蒿、苦艾、辣蓼等在家禽居住场地烟熏驱蚊，每半月喷灭蚊药1次，对母猪及家禽有条件者进行疫苗注射，能控制猪感染乙脑病毒，可有效地降低地区乙脑发病率。