1.粪便白细胞分类 玻片下滴亚甲蓝2滴，将粪便标本在其中涂匀，加盖玻片2～3min后镜检，渗出性病变主要为多核白细胞，伤寒、过敏性反应多为单核细胞。
2.粪便培养病原菌 连续3次的常规粪便培养，必要时还可重复。过去常规进行志贺菌和沙门菌的检出，已大大不够，除采用双硫与血液琼脂培养基外，应根据可疑致病菌选用相应的选择性培养基与培养条件，厌氧培养(如弯曲菌、难辨梭杆菌、产气荚膜杆菌等)、含有抗生素的选择性培养基(如弯曲菌)、碱性或含盐培养基(如霍乱弧菌及其他弧菌)，以及国内提出的冷增菌及碱化处理后双硫平板检测耶尔森菌等。选择粪便中的脓液及黏液部分，及时接种;最好是病人服用抗菌药物前采样。采用多种特殊培养基，在不同含氧情况下培养;挑取多个菌落作各种鉴定，是提高阳性培养结果的关键。轮状病毒虽已能成功分离，但手续繁琐，要求条件高，检出时间长，非一般实验室所能完成。
3.循环抗体的测定 大多数抗体检测系统(包括血凝抑制法、ELISA法等)，对病毒和细菌均具有特异性。已用血清抗体滴度的变化来测定诺瓦克类病毒的流行、轮状病毒和ETEC的鉴定。但免疫荧光对蓝氏贾第鞭毛虫抗体则易出现交叉反应。
4.肠毒素的检测
(1)生物学鉴定：用乳鼠灌胃法鉴定ST毒素(因其分子量过小，其他免疫诊断有困难)、亲水气单胞菌肠毒素等。也可用家兔肠襻分泌试验(secretion in rabbit intestinal loops test)检测ST和LT肠毒素。
(2)组织培养法：已能用Y1肾上腺细胞、中国田鼠卵细胞(CHO)等组织培养细胞，进行细胞毒素和LT肠毒素的分类。
(3)Biken试验：由Elek和Ouchtertory试验的原理组成。在琼脂板上产LT克隆，能与抗霍乱抗血清形成沉淀线来区别肠毒素。
5.病毒RNA凝胶电泳 可直接从粪便标本中提取病毒RNA，用聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色法，按特征性RNA电泳图谱，进行轮状病毒的分类与快速诊断。
6.DNA分子杂交试验 以放射自显影放射性核素标记法，试用于轮状病毒的检测、EIEC肠毒素的同源DNA编码基因的检测等。
7.DNA同源学检查 用遗传工程技术鉴定致病弧菌、大肠埃希杆菌的产肠毒素质粒。
1.电镜与免疫电镜检查 可直接观察病毒形态及特异性抗原颗粒的检出，用ELISA法检测轮状病毒虽已大大超过电镜检查，但电镜对其他致腹泻性病毒如腺病毒、冠状病毒等，仍属需要。对隐孢子虫的结构和生活循环可进行观察，电镜扫描对肠道微生物，能获得特殊形象，但手续过繁。
2.免疫学检查 包括ELISA、固相放射免疫法及反向被动血凝法。用于检测粪便中细菌、病毒抗原、血清中特异性抗体，特别以单克隆抗体为诊断试剂应用以来，大大提高了灵敏性与准确性，已用于大肠埃希杆菌LT肠毒素、轮状病毒、婴幼儿腹泻病毒的鉴定和阿米巴、蓝氏贾第鞭毛虫抗原、抗体等的检测。
3.气相色谱仪 已较普及地用于对厌氧菌的鉴定，如用于难辨梭状芽孢杆菌的快速诊断等。
4.聚合酶链反应(PCR) 特异扩增病原体目的基因，简便、快速、敏感，不需培养可直接用于粪便检测，是目前感染性腹泻，尤其是病毒性腹泻病原诊断的一种理想技术。
5.芯片技术 DNA芯片技术或基因芯片是指同时将极其大量的探针分子固定到固相(玻璃片或硅片)支持物上，借助核酸分子杂交配对的特性将DNA样品的序列信息作高通量、高效率的解读和分析的技术。
(1)DNA芯片技术的特点有：
①微量化(上样量最小达0.25～1nl)。
②规模大、信息储量大(已有短阵排列高于100万种的寡核苷酸探针)。
③并行化(如30万种微矩阵排列的探针同时与1万种待测DNA杂交，完成杂交)。
④高效率和高度自动化(由于信息容量大、矩阵排列、同时检测)，操作、运行完全自动化，故效率极高。
(2)DNA芯片技术的应用十分广泛，前景广阔、进展迅速。主要应用于：
①DNA序列分析。
②基因突变、基因多态性分析与肿瘤的诊断。
③新药开发与组分筛选。
④基因差异表达与基因表达谱的分析。
⑤病原微生物和传染病的实验诊断。
6.T7核糖核酸聚合酶放大的免疫检测系统(IDAT) IDAT(immuno-detection amplified by T RNA polymerase)，即T7核糖核酸聚合酶放大的免疫检测技术，该技术通过固定一种目标蛋白质(用信号显示其存在)与抗体结合后激发助催化剂，后者可再激发T7核糖核酸聚合酶活化、转录出特定核糖核酸分子(信号分子)作为指示系统。IDAT法的灵敏度极高(可检测单种蛋白质分子)，操作简便(可自动化)。进一步改良使用通用的探测分子，则可能探测无限多种蛋白质及脂质、糖分和其他细胞分子。IDAT技术与蛋白质芯片技术结合将把生物芯片技术推向新水平。在癌症早期发现、筛选新药与分子样本等重要领域发挥潜在用途。
7.选择性捕获转录序列的分析系统(SCOTS) SCOTS技术由Graham和Clark-Curtiss等1999年建立，他们共同研究结核杆菌在人巨噬细胞内的反应时，发现与DNA修复、营养代谢、转录调节及毒力产生等有关的许多基因发生了转录。Morrow等联合应用SCOTS和基因组差异杂交方法，检测伤寒杆菌在对巨噬细胞基因组内的某些操纵子和转录调控因子作了研究。显然，利用SCOTS技术或与当代的新型实验手段相合，可从基因组水平认识基因表达，揭示细菌等病原体进入机体、相互作用及感染机制，将会极大地丰富研究内容，提高实验诊断水平。