马尔堡病毒病潜伏期3～9天，起病急，有寒战，体温迅速升高，伴有严重头痛、背痛、全身肌肉关节疼痛并感不适。可有食欲减退、恶心、呕吐和腹泻，大便呈水样并可带有黏液和血。发病3～8天后，常在躯干部出现红色斑丘疹并迅速波及全身，最后融合成片。3～4天体温达高峰，持续1～2周渐退。部分病人有第二次发热。通常在发病4～5天内病人进入危险期，极度嗜睡和精神改变，惊厥最后昏迷。
马尔堡病毒病患者约半数有自发性出血，特别是呼吸道和胃肠道出血，原因尚不明。
据流行病学史，有相应的临床表现，分离到病毒或特异性抗体IgM滴度在1∶8以上，IgG滴度在1264以上可以确诊埃波拉或马尔堡病毒病。