摩根菌肺炎临床表现及胸片无特异性，与其他革兰阴性杆菌肺炎相似，临床上难以与克雷伯菌肺炎、铜绿假单胞菌肺炎、变形杆菌肺炎、沙雷菌肺炎及枸橼酸杆菌肺炎区别。主要靠痰、血或下呼吸道分泌物病原体检查，因此，对怀疑有肺部细菌感染者应多次查病原体。