1.显微镜检查 尿沉渣或分泌物镜检可找到假菌丝或孢子;革兰染色菌丝、孢子呈蓝色，着色不均;过碘酸染色菌丝、孢子呈红色;1/1000吖啶橙染色菌体在荧光显微镜下呈亮绿色。
2.尿培养 念珠菌在培养基内呈芽生孢子。尿培养菌落>1000个/ml时可诊断为急性泌尿系统感染。
3.血清学试验 可做念珠菌抗体检测，但对一次阳性结果无诊断意义，应对一段时间内定期获得的血清标本检测，抗体滴度高或滴度逐渐升高有一定诊断意义。近年来，在一些专业的实验室内采用免疫印迹法可进行一些念珠菌抗原(如一种烯醇酶的48-KDa抗原和一个90-KDa热休克蛋白产物47-KDa抗原)检测。
X线检查：肾脏真菌感染，肾盂内出现真菌团块时，IVU和逆行肾盂造影检查可见肾盂内充盈缺损改变。活体组织检查和真菌球病理检查可找到假菌丝或孢子。