慢性结肠炎很难根治，通常使用的药物有柳氮磺比啶、皮质类固醇药物、肠炎宁等。
第一、柳氮磺比啶
柳氮磺比啶属于治疗慢性结肠炎的一线药物，它也是磺胺类抗菌药，它能够起到杀灭肠道内病原菌的作用。但这类药物容易引发不良反应，比如恶心、呕吐等。
第二、地塞米松
其中比较有代表性的皮质类固醇药物是地塞米松、强的松等，这些药物短期使用可以取得非常不错的治疗效果。但是长期使用容易引发不良反应，比如肥胖、骨质疏松。
第三、肠炎宁
肠炎宁可用来辅助治疗慢性结肠炎，这种药物能够起到排毒杀菌、化湿润肠和清热解毒的作用。和其他的西药相比肠炎宁虽然见效比较慢，但是它的不良反应相对较少。但需要但如果患者本身对地锦草、金毛耳草、枫树叶等中药材过敏，那么应该避免服用它。
除此之外，还有硫唑嘌呤、硝苯地平、多潘立酮胶囊等。与此同时患者也要多注意饮食，可以多吃一些容易消化，且口感清淡的食物。注意积极补充维生素C和B族维生素，当然含铁元素丰富的食物也可以适当的食用一些，能够起到补充体力和滋养身体的作用。