1.慢性细菌性痢疾
常有急性细菌性痢疾史，抗菌药物治疗有效，粪便培养分离分离出痢疾杆菌，结肠镜检时取粘液脓 性分泌物培养的出性率较高。
2.慢性阿米巴痢疾
病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘深切，溃疡间粘膜正常。粪便或结肠镜取出的分泌物中可找到阿米巴滋养体或包囊。抗阿米巴治疗有效。
3.血吸虫病
在流行病区有疫水接触史，粪便检查可见血吸虫卵，孵化毛蚴阳性。直肠镜检在急性期可见直肠粘膜有黄褐色颗粒，活检压片或组织病理检查，可见血吸虫卵。患者常伴肝脾肿大。
4.Crohn病
鉴别要点见表1。
表1 溃疡性结肠炎与结肠Crohn病的鉴别
鉴别要点溃疡性结肠炎Crohn病起病缓渐或突发缓渐隐匿里急后重脓血便
常有少有中毒症状常有少有复发性腹痛
常见
慢性腹痛腹块少见常见肛周病变
少见常见病变分布
始于结肠远端，病变连续向近端发展，一般不侵及小肠
呈节段性，多发性，多累及回肠右结肠，少侵及直肠粘膜变化粗糙颗粒状，浅溃疡，有假息肉鹅卵石状，裂隙样溃疡肠狭窄
较少见，可见于晚期
多见，早期可出现瘘管
一般无常有结肠镜检查粘膜弥漫充血，水肿，触之易出血，颗粒粗糙，浅溃疡，假息肉散在较深溃疡，病变间粘膜正常病变深度粘膜为主肠壁全层炎性细胞浸润多见
少见隐窝脓肿
常见少见溃疡浅可融合呈分散裂隙纵行溃疡假息肉常见少见腺管破坏多见
少见杯状细胞减少、重者消失正常潘氏细胞
增多
正常上皮细胞非典型增生多见
无瘘管少见常见癌变4%左右
无5.肠易激综合征
粪便有粘液但无脓血，可有便秘和腹泻交替，常伴腹痛、腹胀、肠鸣及全身神经官能症，各种检查无明显品质病变发现，症状与情绪、精神状况密切相关。
6.结肠癌
多见于中年以后，肛门指诊常能触到肿块，粪潜血常阳生，X线钡剂灌纤维结肠镜检，有鉴别诊断价值。
值得注意本病易与慢性菌痢混淆诊断。二者均为慢性脓血便，肠镜为慢性炎症，尤其对未发现肠粘膜质脆易于出血、腺体排列异常和隐窝脓肿，钡灌肠未发现结肠袋改变等较为特异病变，仅见慢性炎症或“毛刺或锯齿状”阴影时更易误诊。作者曾对16例慢性脓血便，肠镜报告为“慢性结肠炎”，钡灌肠示“毛刺或锯齿状”阴影，诊断为溃疡性结肠炎者进行研究发现6例为慢性菌莉，均为多次（3～6次）加强的松激发（大便培养前口服强的松3日，每日40mg）后大便培养出弗氏痢疾杆菌者应引以为戒。其他尚需鉴别者有：肠结核、缺血性结肠炎、伪膜性肠炎、放射性肠炎、结肠息肉病、结肠憩室炎等。