慢性淋巴细胞性甲状腺炎的治疗方法一般不宜手术治疗，通常采用一般治疗和药物治疗。慢性淋巴细胞性甲状腺炎表现为显著增大的甲状腺，随时间往往会缩小，除非合并甲状腺癌。发现此症状时，要及时治疗，以免加重病情。
1.一般治疗
一般治疗方式包括去除诱因和合并症治疗。去除诱因需要了解存在的诱因并及时消除，患有其他自身免疫性疾病者要积极治疗，限制碘的摄入量，提高自身免疫力，保持良好的情绪，避免激动。甲状腺较小，又无明显压迫症状者，可暂不治疗或随访观察。合并症治疗就是有干燥综合征或甲状腺萎缩，要同时积极治疗，合并有甲状腺减退可用甲状腺激素替代疗法，以免加重病情。
2.药物治疗
药物治疗常用药物有甲状腺素和β受体阻滞剂。甲状腺肿大明显或伴有甲减时，可给予甲状腺素治疗，口服具有减小甲状腺肿和恢复甲状腺激素水平的功效。以及在使用甲巯咪唑治疗后发生骨髓损伤的患者应禁用。β受体阻滞剂适用缓解桥本甲状腺炎合并甲状腺毒症高代谢、心悸等症状。
3.手术治疗
甲状腺增大，有明显压迫，尤其是药物治疗不能改善者、临床高度怀疑并发甲状腺肿瘤或有癌变者，甲状腺疼痛剧烈、不能耐受甲状腺激素治疗者、并发毒性弥漫性甲状腺肿反复发作者可手术治疗，缺点是术后要终身服用甲状腺激素替代治疗。甲状腺较小，又无明显压迫症状者不用手术治疗。