最重要的鉴别诊断为除外肾小球肾病和系统性疾病继发的肾脏改变。以下为不同类型慢性肾炎的鉴别诊断。
1.慢性肾炎肾病型与肾小球肾病鉴别 二者共同点为：大量蛋白尿，高度水肿与低蛋白血症。但肾小球肾病患者，无镜下血尿，一般也无高血压和肾功能不全，除非可因严重水肿而出现暂时性的肾功能减退或高血压，这二者经利尿消肿后，应很快恢复正常。所以凡有镜下甚至肉眼血尿，或持久性高血压及肾功能损害者，一般为肾炎而不能诊为肾病。如能对尿蛋白作进一步分析，更有助于诊断。肾小球肾病多呈高度选择性蛋白尿;慢性肾炎肾病型患者多呈无选择性蛋白尿。肾病尿中很少出现FDP而慢性肾炎较多见。此外，肾小球肾病患者绝大部分对激素和免疫抑制药治疗敏感，而慢性肾炎肾病型患者对该类药物反应差。
2.慢性肾炎普通型与慢性肾盂肾炎的鉴别 慢性肾盂肾炎晚期，可有较大量蛋白尿和高血压，与慢性肾炎很难鉴别。后者多见于女性，常有泌尿系感染病史。多次尿沉渣检查和尿细菌培养阳性，有助于对活动性感染性慢性肾盂肾炎的诊断。慢性肾盂肾炎患者，肾功能的损害多以肾小管损害为主，可有高氯酸中毒，低磷性肾性骨病，而氮质血症和尿毒症较轻，且进展很慢。静脉肾盂造影和核素肾图及肾扫描，如果有二侧肾脏损害不对称的表现，则更有助于慢性肾盂肾炎的诊断。
3.慢性肾炎肾病型或普通性与红斑狼疮性肾炎的鉴别 狼疮肾炎的临床表现与肾组织学改变均与慢性肾炎相似。而红斑狼疮女性好发，且为一系统性疾病，常伴有发烧，皮疹，关节炎等。血细胞下降，免疫球蛋白增加，并有狼疮细胞和抗核抗体。血清补体水平下降。肾脏组织学检查可见免疫复合物于肾小球各部位广泛沉着，复合物中IgG免疫荧光染色呈强阳性，即“满堂亮”表现。
4.慢性肾炎高血压型与原发性高血压继发肾损害的鉴别 肾炎多发生在青壮年，高血压继发肾损害发生较晚。病史非常重要。是高血压在先，还是蛋白尿在先，对鉴别诊断起主要作用。在高血压继发肾脏损害者，尿蛋白的量常较少，罕见有持续性血尿和红细胞管型。而肾功能的损害相形之下较严重。肾穿刺常有助鉴别。有人发现20%初步诊断为原发性高血压者，经肾穿刺确诊为慢性肾炎。
5.其他原发性肾小球疾病 ①隐匿性肾小球肾炎：临床上轻型慢性肾炎应与隐匿性肾小球肾炎相鉴别，后者主要表现为无症状性血尿和(或)蛋白尿，无水肿、高血压和肾功能减退。②感染后急性肾炎：有前驱感染并以急性发作起病的慢性肾炎需与此病相鉴别。二者的潜伏期不同，血清补体C3的动态变化有助鉴别;此外，疾病的转归不同，慢性肾炎无自愈倾向，呈慢性进展，可资区别。
6.其他 过敏紫癜性肾炎，糖尿病毛细血管间肾小动脉硬化，痛风肾，多发性骨髓瘤肾损害，淀粉样变累及肾脏等，以上疾病各有其特点，诊断慢性肾炎时应予以除外。
7.Alport综合征 常见于青少年，起病多在10岁之前，患者有眼(球形晶体等)、耳(神经性耳聋)、肾(血尿，轻、中度蛋白尿及进行性肾功能损害)异常，但此综合征有阳性家族史(多为性连锁显性遗传)。