前驱症状和最初精神症状
70%的病人存在，嗜睡，头痛，上呼吸道症状，恶心、腹泻、肌痛、发热。这些症状出现后平均5天（不超过2周）出现了行为变化。
抗NMDA受体脑炎的精神表现是广泛而多样的；包括妄想的内容，知觉障碍，混乱的想法和行为。具体来说，患者通常表现出焦虑／恐惧和兴奋，以及偏执，情绪不稳与人格改变的怪异行为。许多患者会变得好斗和侵略性。有趣的是，精神病性症状常见于成人，儿童往往表现躁狂症状如烦躁和行为的爆发，睡眠障碍、多动、和性欲亢进 。
除了行为改变外，认知能力下降和异常的语言常常出现。近记忆障碍和意识障碍常见，影响日常的生活行为。一些病例，认知障碍改变早且持久，以及可能的亚综合征，比如在学校的表现引起孤立无援。各年龄段都可出现语音和语言能力进行性下降。包括失语症、言语模仿、重复，喃喃自语和缄默。言语的这些变化常常贯穿于疾病的其他阶段。总之，该综合征的初始精神相持续1–3周，虽然有些病例可能引起长期行为和人格的改变先于症状之前是个弱的水平。
神经并发症
精神症状早期改变，随之为更为全面的意识改变和反应力的下降，有时发展为伴有缄默和睁眼的缄默状态，有时表现为兴奋增多。这个阶段有时伴有异动，如口面部运动障碍，肌张力障碍的姿势，和四肢的舞蹈样动作，以及自主神经不稳定（高热、心动过速、心动过缓、低或高血压），在儿童，异动常常表现为部分片样表现并不是发生在疾病的晚期。
在这一阶段的另一个常见的并发症是肺换气不足，特别是成人，往往来源于中枢；一个大型的研究描述了平均机械通气支持的需要2个月。
癫痫也是一个显著特征，虽不能预测，但早期的强度和频率是增加的。一项研究表明，18-45岁的超过25%女性新发癫痫具有nmda受体抗体，并且没有其他癫痫发作的病因。癫痫部分性运动或复杂性的发生在近80%的病人。
值得注意的是，这一阶段，病人在重症监护室接受治疗，许多病人在严重的神经症状中经历了意识水平波动，有时表现出激动、不稳、甚至分裂状态。
复发和缓解
个别的抗NMDA受体脑炎病例描述了先于更广泛的意识综合征和潜能恢复之前，撤回或几乎撤出对病人的照料。
尽管积极规范治疗，疾病自然病程表明一些患者有长病程，但可以显示自限神经功能改善。即使有恰当的照料支持和治疗，这些病人也面临许多挑战。疾病恢复过程是倒叙的，通常需要3～4个月的住院治疗。自主神经和呼吸功能正常，其次是运动异常的好转。在许多复杂的内科疾病中，认知和精神功能往往是最慢的改善，在这些患者恢复知觉和表达能力时，经常出现躁动和精神错乱。通常需要高度镇静药物，经常阻碍急性期认知恢复。相比其他突触脑炎，在抗NMDA受体脑炎复发率相对较低（~ 20–25%），有时是终止药物治疗引起的，并且发作间期常有明显的和长期的症状改善。
后期行为和认知后遗症
抗NMDA受体脑炎患者需要相当长的时间才能恢复其基线功能。出院时有认知和行为异常约85%的患者最终完全康复、需要照料和康复。症状包括执行功能缺失、冲动、行为失控和异常的睡眠模式。长期的精神异常在队列中没有得到很好的描述，但个别病例报告显示呈持续的症状。一个案例描述了一个18岁的年轻人发病，1.5年后仍然有认知能力受限。发病后2年，他在认知功能方面有了更大的改善，尽管有时表现为保持预先内在占有欲，并表现出古怪的行为。其他患者有遗留症状类似Kluver-Bucy或Kleine-Levin综合症，为性欲亢进，贪食，嗜睡，烦躁不安或感情迟钝。整个急性期的健忘症是常见的，记忆缺陷可能持续存在。今后的工作将继续评估这些脑炎后的患者，随着时间的推移以检查挥之不去的精神和神经认知异常。