打黄体酮的最佳时间是不固定的，用途不一样，注射时间也是不一样的。
如果是在备孕时，黄体酮最好是在排卵后每天打，持续14天左右验孕，每天早晨起来之后打效果比较好。
如果用来安胎的情况下，可在早晨肌肉注射黄体酮。使体内的孕激素维持在一个比较平稳的浓度，对安胎会起到很好的作用；
如果用黄体酮催经，由于黄体酮注射液是油剂，肌肉注射吸收相对比较慢，在早晨肌肉注射后，一天的活动能够促进黄体酮更好的吸收；
在临床上主要是治疗孕激素不足导致的月经后半期出血、月经周期缩短。又因为黄体酮可抑制子宫平滑肌收缩，所以还会起到安胎的作用。黄体酮还会使子宫内膜出现增厚，所以临床上用黄体酮会有催经作用。