患者的头部受到打击时，或者患者的身体其他部位受到猛烈撞击，这些撞击会使脑干撞击在小脑幕裂孔的切迹缘上，或者枕骨的斜坡上，有时脑干会沿纵轴向下剧烈移动，有时会发生扭转，这些都会造成脑干的损伤。有时患者受到头部外伤会导致颅骨的严重变形，脑室内的脑脊液会冲击造成中脑导水管周围或四脑室底的损伤。原发性脑干损伤常伴有患者的大脑半球的弥漫性损伤。
原发性脑干损伤常包含脑干震荡、脑干挫裂伤、脑干出血、脑干软化以及脑干局限性水肿等。典型的症状多为患者受伤后立即就出现持续昏迷，昏迷的程度会有所不同，情节较轻的对疼痛会有所反应，严重的患者会出现深度昏迷，四肢瘫痪并对外界一切刺激没有反应。生命体征比较紊乱。
患者的损伤部位发生在中脑下部、桥脑上部的时候，患者的表现一般呼吸发生紊乱；但当损伤在延髓部位时，患者常出现呼吸停止的状况。患者脑干损伤后常伴随其他脏器功能的异常，比较常见的如消化道有出血的状况、肺淤血或者急性肺水肿等状况。脑干损伤的病人易发生肺部感染等并发症。
对于脑干损伤的治疗要根据病人的身体状况以及病情做出针对性的治疗。病情较轻的损伤可以以脑挫裂伤处理的原则治疗，这种治疗方法能使部分患者恢复。但是重症脑干损伤目前没有疗效较好的治疗方法，而且该疾病死亡率已经达到颅脑损伤死亡率的三分之一。如果患者的脑桥、延髓平面受到损伤，那么对患者的治疗效果几乎不存在。
最后，对于患者的急性期主要是应用激素、脱水和降温以及吸氧等方式进行治疗，尽量纠正患者的呼吸以及紊乱的循环系统，尽量的去维持机患者体内、体外环境的平衡。如果患者出现意识障碍时间较长的情况，需要尽早进行患者的气管切开治疗，对于血压不稳定的患者应该慎用脱水剂。患者的恢复期应着重于患者脑干功能的恢复，可搭配使用促醒药物，高压氧舱治疗等方法进行配合治疗。