1.与其他化脓性脑膜炎和结核性脑膜炎相鉴别。
2.流行性乙型脑炎 患者以儿童多见。但有严格季节性，在7～8月间流行。突起高热、惊厥、昏迷，无皮肤黏膜瘀点及口角疱疹。脑脊液澄清，白细胞数很少超过1000×106/L。分类以淋巴细胞为主。但早期中性粒细胞可稍多于淋巴细胞，糖含量正常或稍高。血液补体结合试验有诊断价值，血液中特异性.IgM抗体阳性亦可诊断。
3.虚性脑膜炎 败血症、伤寒、肺炎、恶性疟、斑疹伤寒等严重全身性感染常因有高度毒血症而发生脑膜刺激征。但脑脊液检查除压力增高外，一般正常。且以上各病均有其独特的症状、体征和实验室检查，可和流脑相鉴别。
4.中毒型细菌性痢疾 主要见于儿童，发病季节主要在夏秋季。短期内有高热、惊厥、昏迷、休克、呼吸衰竭等症状，但无瘀点，脑脊液检查正常。冷盐水灌肠后排出液或肛拭检查可有黏液脓血，镜检有成堆或大量脓细胞和红细胞。确诊依靠粪便细菌培养。
5.流行性出血热 在11～12月为流行高峰，但终年均有散发。患者以成人为主，病前1个月内可有疫区野外作业史。病初出血现象较轻，皮肤上有线条状出血点，主要见于腋下。有酒醉貌。结膜有充血水肿。周围血出现异常淋巴细胞。尿常规有大量蛋白尿和红、白细胞。随着体温下降，患者病情加重，可进入休克期和少尿期，此时出血现象加重，肾功能明显受损。脑膜刺激征不明显，脑脊液检查亦阴性。确诊有赖于病人血液中的抗体检查。
6.其他 其他需要鉴别诊断的有肠道病毒和其他病毒引起的病毒性脑膜炎或脑炎、斑疹伤寒、恙虫病等。慢性脑膜炎球菌败血症则应与过敏性紫癜、血管炎、风湿病、亚急性细菌性心内膜炎相鉴别。