阴茎根部皮肤瘙痒有疙瘩可能是毛囊炎、病毒感染、尖锐湿疣导致的，需要根据不同的病因选择合适的治疗方式。
1、毛囊炎：引起毛囊炎的病原菌主要是金黄色葡萄球菌，偶有表皮葡萄球菌、链球菌、假单孢菌属和类大肠杆菌。分为化脓性毛囊炎和非化脓性毛囊炎，皮损为大红色的小丘疹，顶端化脓形成小脓疱。可以使用莫匹罗星软膏或红霉素软膏等药物治疗，最好到外科或皮肤科就诊做一下检查，明确诊断后再进行治疗。平时注意卫生。
2、病毒感染：初期局部多有微小淡红色小丘疹，皮疹逐渐增多或增大,互相融合和重叠，呈凹凸不平的乳头状。由于类型不同，感染时间的长短，受染者的个体，性别，部位等不同而出现大小不等，形状各异的疣体。疣体一般表面湿润，柔软,触之易出血.。尽快到专科医院检查，取局部赘生物病检，防止病毒复制。另外，本病有传染性，应多加注意。
3、尖锐湿疣：有大量临床病例验证，男性朋友感染尖锐湿疣的话也会出现阴茎长疙瘩的症状。男性尖锐湿疣的基本损害初起为细小淡红色小疙瘩，大小不一，单个或群集分布，湿润柔软，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，红色或污灰色，根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积其中，致有恶臭，且每因搔抓而引起继发感染。阴茎部位由于不断受到局部潮湿与慢性刺激的作用，阴茎上长的疙瘩往往迅速增长。疙瘩长在阴茎上其实就是一个危险的信号，患者应该及时的到正规的医院进行检查才能知道是否是尖锐湿疣。
除了以上原因以外，还可能是梅毒、阴茎癌、获得性免疫缺陷综合征等，预防上述疾病的最好方法是保持良好的卫生习惯，避免性行为频繁，避免高危性行为，性行为时可以做好防护措施，定期前往医院进行检查等。