皮脂腺囊肿的治疗方法有物理治疗、药物治疗、手术治疗来处理。
1.物理治疗：临床中用于治疗皮脂腺囊肿的物理疗法有很多，激光、电灼和冷冻等都是比较常用的办法，患者可根据囊肿大小和数量选择其中一种治疗办法，这样不但能消除囊肿，还能降低囊肿复发的几率。
2.药物治疗：莫匹罗星软膏，可以减少炎症和红肿，促进伤口愈合，同时也可以缓解痒痛等症状；夫西地酸乳膏，可以帮助减少皮脂腺囊肿的发生，减轻炎症和红肿，促进伤口愈合，并且可以减少疤痕的形成。
3.手术治疗：较小的囊肿，经小切口直接切除，疗效快且显著。较大的囊肿，尤其生长迅速者，应及时外科手术切除。在感染期的皮脂腺囊肿应控制炎症，待消除后再进行摘除手术。
平日生活注意个人卫生习惯，对油脂分泌旺盛部位做好清洁。如皮肤发生破损，对伤口做好消毒，避免抓挠伤口损伤皮肤。