任何药物都有一定的副反应，毛果芸香碱滴眼液药是一种植物叶子经过提炼而获得的一种生物碱。它主要作用于毒蕈碱受体以表现出毒蕈碱样作用，从而达到治疗眼科疾病的目的。在治疗眼病的同时，其副反应有全身的，也有局部的，不过全身副反应发生比较罕见，而局部容易出现点滴药物后感觉刺痛不适，不过这种不适感觉在短时间内就会自行消失的。
临床上用作眼科的缩瞳剂。治疗青光眼以降低眼压。然而，毛果芸香碱滴眼液也有副作用，眼睛刺激，烧灼感，睫状体麻痹引起的结膜充血，浅表性角膜炎，颞叶或眼周期头痛，诱发近视。眼部反应通常在治疗早期发生，并在治疗期间消失。由于这种早期短暂的不适反应会自行消失，这种情况下就不要盲目另行给以药物的服用了。
为了更好的防止毛果芸香碱滴眼液的副作用，一定需要把握好用药的注意事项，1、瞳孔散大经常引起黑暗适应困难，这就不能给夜间开车的司机或者是所处工作环境照明不好的患者用药。 2、用药期间需要定期检查眼压。如果视力发生变化，这就需要及时调整用药治疗方案。 3、为避免局部用过量而有导致药物通过粘膜吸收后引起严重的全身不良反应，滴眼后应用手指按压眼睛1至2分钟。 一旦是有使发生全身毒性反应，应使用阿托品抗胆碱能药物进行对抗治疗。
为了更好地治疗眼病，并在药物使用后更好地预防对身体的伤害，我们必须注意不要盲目地去药房自行购买药物。最安全的方法是就诊到眼科，根据个人的具体情况，眼科医生规范的处方给药，为了使局部药物发挥最佳治疗效果，在点滴眼药水时最好是医生或家庭成员帮助滴注。