阴茎根部有小疙瘩并且疼痛可能是由多种原因引起的，以下是可能的原因及应对方法：
1. 包皮过长或包茎：包皮过长或包茎可能会导致阴茎根部的小疙瘩，因为包皮和龟头之间的包皮垢可能无法完全清除。在这种情况下，应该咨询医生以了解包皮手术的可能性。
2. 包皮龟头炎：包皮龟头炎是一种常见的男性疾病，通常由细菌或真菌感染引起。包皮龟头炎可能会导致阴茎根部的小疙瘩和疼痛。在这种情况下，应该咨询医生以获得适当的治疗。
3. 毛囊炎：毛囊炎是一种由细菌感染引起的皮肤炎症，通常发生在阴茎根部周围的毛囊。毛囊炎可能会导致阴茎根部的小疙瘩和疼痛。在这种情况下，可以使用抗生素软膏或药物来缓解症状。
4. 病毒感染：阴茎根部的小疙瘩和疼痛也可能是由病毒引起的，例如尖锐湿疣或疱疹病毒。在这种情况下，应该咨询医生以获得适当的治疗。
要注意做到饮食均衡营养多样化，应该注意适当的放松心情，不要有太大的心理压力，多吃一些蛋白质含量丰富的食物，补充营养，也应该注意多吃一些新鲜的瓜果蔬菜养成良好的生活习惯也要注意早睡早起，放松心情。