巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。原因通常是遗传因素、经血逆流、体内雌激素水平较高、体腔上皮化生等引起。
1.遗传因素：如果有家族成员患有巧克力囊肿，那么也可能患上这种疾病。因此，如果有家族成员患有巧克力囊肿，建议定期进行体检，以便及早发现和治疗。
2.经血逆流：月经期脱落的子宫内膜随着经血逆流，可经输卵管进入腹腔，种植于卵巢，并在该处继续生长和蔓延。
3.体内雌激素水平较高：体内雌激素水平高，容易促使巧克力囊肿的生长，使巧克力囊肿增大比较快。因为雌激素较高，会促进子宫内膜生长，同样会促使异位到卵巢内的子宫内膜生长，从而导致巧克力囊肿内的积血增多。
4.体腔上皮化生：是一种病理变化，可能会导致巧克力囊肿的形成。这是因为体腔上皮化生会引起卵巢内的囊壁增厚，从而导致囊肿形成。此外，体腔上皮化生还可能引起卵巢内的炎症反应，进一步促进巧克力囊肿的形成。
此外，还可能是生殖道发育异常、系统性红斑狼疮等引起。患者在日常生活中可进行温水浴和热敷下腹部来促进血液循环，减少疼痛，但长期应用热敷可能在腹部皮肤留下暗褐色素沉着，影响局部美观。